Введение
ГЛАВА I. Обзор литературы 12
1.1. Систематическое положение фитоплазм 12
1.1.1. Классификация фитоплазм на основе филогенетического анализа 12
1.1.2. Классификация фитоплазм на основе RFLP-анализа .14
1.1.3. Таксономическое положение исследуемых видов фитоплазм
1.2. Морфологические признаки фитоплазм 16
1.3. Биологические признаки фитоплазм .18
1.4. Географическое распространение исследуемых видов фитоплазм .30
1.5. Фитосанитарный статус фитоплазмозов плодовых и ягодных культур 34
1.6. Растения-хозяева исследуемых видов фитоплазм .36
1.7. Симптомы повреждения фитоплазмами .40
1.8. Вредоносность исследуемых возбудителей фитоплазмозов 48
1.9. Меры борьбы с фитоплазмами 52
1.10. Методы диагностики фитоплазм
1.10.1. Электронная микроскопия 54
1.10.2. Иммуноферментный анализ 54
1.10.3. Молекулярно-генетические методы 55
1.10.4. Генетические маркеры генома, используемые для идентификации фитоплазм 61
1.10.5. Кластерный анализ видов рода Candidatus Phytoplasma 63
ГЛАВА II. Материалы и методы 65
2.1. Место проведения исследований 65
2.2. Материал, использованный в работе 65
2.3. Молекулярно-генетические методы исследования 67
2.3.1. Выделение ДНК .68
2.3.2. Измерение концентрации ДНК 70
2.3.3. Исследование классической и «nested»-ПЦР для диагностики фитоплазм .71
2.3.4. Проведение RFLP-анализа .75
2.3.5. Секвенирование ДНК фитоплазм 76
2.3.6. Кластерный анализ участков генома фитоплазм 77
2.3.7. Апробация ПЦР в режиме «реального времени» для диагностики фитоплазм 77
ГЛАВА III. Результаты и их обсуждение .82
3.1. Выявление возбудителей фитоплазмозов 83
3.2. Поиск чувствительного метода выделения ДНК фитоплазм 85
3.3. Применение и оптимизация методов «nested»-ПЦР и классической ПЦР для диагностики фитоплазм 90
3.3.1. Использование классической ПЦР для выявления фитоплазм 90
3.3.2. Оптимизация и применение «nested»-ПЦР участка 16S-23S гена для диагностики фитоплазм .92
3.3.3. Использование tuf гена для видовой идентификации фитоплазм 95
3.3.4. Разработка RFLP-анализа для групповой и видовой идентификации фитоплазм
3.4. Анализ последовательностей ДНК фитоплазм 99
3.5. Кластеризация участков ДНК выявленных видов фитоплазм 104
3.6. Применение ПЦР в режиме «реального времени» для выявления идентификации фитоплазм .109
3.6.1. Анализ универсальной системы ПЦР-РВ для выявления фитопатогенов рода Candidatus Phytoplasma 109
3.6.2. Анализ специфических систем ПЦР-РВ для видовой идентификации фитоплазмозов винограда .111
Заключение 117
Список работ, опубликованных по теме диссертации .121
Список условных сокращений .122
Библиография
