Введение
Глава 1 Общие принципы картирования локусов комплексных признаков 9
1.1 Анализ сцепления 9
1.2 Анализ ассоциаций 13
Глава 2 Оптимизация подсчета функции правдоподобия больших родословных 17
2.1. Введение в проблему и постановка задачи 17
2.2. Процедура свертки 18
2.3. Алгоритм оптимального порядка свертки 21
2.4 Число возможных генотипов 23
2.5 Проверка эффективности алгоритма 23
Глава 3 Анализ ассоциаций с учетом эффекта родительского происхождения аллелей 26
3.1 Обзор литературы и постановка задачи 26
3.1.1 Эффект родительского происхождения аллелей 26
3.1.2 Существующие методы анализа ассоциаций с учетом родительского эффекта 28
3.1.3 Метод измеренных генотипов как основа для более мощного теста на эффект родителя 28
3.2 Описание метода 30
3.3 Эффективность метода 33
3.3.1 Эффективность реконструкции гаплотипов 34
3.3.2 Ошибки первого рода и мощность для тестов на основе GRAMMAR и TDT при анализе эффекта родителя 35
3.3.3 Поиск эффекта родителя методом GRAMMAR при разных моделях наследования признака 42
3.4 Обсуждение 44
Глава 4 Картирование генов, контролирующих рост взрослого человека 48
4.1. Обзор литературы и постановка задачи 48
4.2. Материалы и методы 51
4.2.1. Родословная 51
4.2.2. Генотипирование 52
4.2.3. Методы анализа 52
4.2.4. Анализируемый признак 54
4.3. Результаты и обсуждение 55
4.3.1. Аллельный эффект 55
4.3.2. Эффект родительского происхождения аллелей 59
Глава 5 Картирование генов, контролирующих индекс массы тела взрослого человека 67
5.1. Обзор литературы и постановка задачи 67
5.2. Материалы и методы 71
5.3. Результаты и обсуждение 73
5.3.1. Аллельный эффект 73
5.3.2 Эффект родительского происхождения аллелей 78
Заключение 85
Выводы 93
Литература 94
Приложение 105
