Введение
Глава 1. Обзор литературы 11
1.1. Введение 11
1.2. Генная сеть интерфероновой системы 15
1.2.1. Общая характеристика интерферонов 15
1.2.2. Регуляция экспрессии интерферонов 19
1.2.3. Пути передачи сигналов интерферонов 25
1.2.4. Участие интерферон-индуцируемых генов в обеспечении различных функций интерферонов 36
1.3. Особенности структурно-функциональной организации генных сетей и требования к компьютерной системе для их реконструкции на основе аннотации экспериментальных данных 59
1.4. Обзор существующих баз данных и компыотерных систем по генным и метаболическим сетям 66
1.5. Заключение по обзору литературы и формулировка задач исследования 70
Глава 2. Компьютерная реконструкция и анализ генных сетей 74
2.1. Введение 74
2.2. Базовые принципы создания формализованного описания генных сетей 74
2.2.1. Объектно-ориентированный подход 74
2.2.2. Пространственная распределенность компонентов 77
2.2.3. Иерархия уровней представления генной сети 77
2.2.4. Универсальность языка 78
2.3. Компьютерная технология GeneNet 80
2.3.1. Структура системы GeneNet 80
2.3.2. Возможности применения системы GeneNet 104
2.4. Анализ генных сетей 108
2.4.1. Регуляторные контуры 108
2.4.2. Качественные особенности функционирования генных сетей 113
2.5. Генные сети интерфероновой индукции 124
2.5.1. Пути передачи сигналов и ключевые регуляторы 125
2.5.2. Анализ регуляторных механизмов 128
2.5.3. Участие интерферон-индуцируемых генов в молекулярных механизмах противовирусного ответа 133
2.6. Заключение по главе 2 139
Глава 3. Компьютерный анализ и распознавание регуляторных элементов в интерферон-индуцируемых генах 140
3.1. Введение 140
3.2. Описание интерферон-индуцируемых генов в базе данных TRRD 141
3.3. Построение методов распознавания сайтов связывания ключевых регуляторов интефероновой системы (АР-1, IRF1, ISGF3, NF кВ, STAT1) 148
3.3.1. Анализ распределения экспериментально выявленных сайтов связывания в регуляторных районах интерферон-индуцируемых генов 148
3.3.2. Создание выборок экспериментально выявленных природных сайтов на основе информации из базы TRRD 150
3.3.3. Построение результирующих матриц 158
3.4. Компьютерный анализ протяженных регуляторных районов интерферон- индуцируемых генов 163
3.4.1. Исследование распределения потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов в регуляторных районах интерферон-индуцируемых генов 166
3.5. Построение методов распознавания интерферон-регулируемых промоторов и энхансеров 177
3.6. Проверка созданных методов по опубликованным данным микрочипового анализа 188
3.7. Поиск потенциальных мишеней интерфероновой индукции по базе данных EPD 193
3.8. Заключение по главе 3 201
Выводы 204
Список литературы
