Введение
1. Основные принципы сканирующей зондовой микроскопии 14
1.1. Общие принципы работы сканирующего зондового микроскопа 15
1.2. Сканирующая туннельная микроскопия 17
1.3. Атомно-силовая микроскопия 18
1.3.1. Силовое взаимодействие зонда и образца 18
1.3.2. Принцип работы АСМ 22
1.4. Основные методы исследования биологических и органических объектов и структур 33
1.5. Сканирующая зондовая микроскопия нуклеиновых кислот 38
1.5.1. Основные методики препарирования образцов для зондовой микроскопии нуклеиновых кислот . 39
1.5.2. Применение зондовой микроскопии для исследования структуры и свойств молекул нуклеиновых кислот и их комплексов 46
Теоретическая часть 50
2. Анализ искажающих эффектов атомио-силовой микроскопии 50
2.1. Контактные деформации зонда и образца 50
2.1.1. Контакт двух тел: решение контактной задачи Герца 51
2.1.2. Контакт сферического зонда и сферического образца 54
2.1.3. Контакт сферического зонда и цилиндрического образца 59
2.1.4. Динамика переходного процесса контактных деформаций 71
2.1.5. Возможность достижения атомного разрешения с помощью АСМ 72
2.2. Задача восстановления реальной геометрии объектов по АСМ-изображению (учет эффекта уширения) 85
2.2.1. Постановка и решение задачи об определении ширины объектов по измеренным параметрам АСМ-профиля 88
Экспериментальная часть 95
3. АСМ-исследования взаимодействия вирусной РНК с белками 95
3.1. Исследование процессов разрушения белковой оболочки частиц вируса табачной мозаики и высвобождения вирусной РНК 95
3.1.1. Результаты и их обсуждение 100
3.1.2. Анализ распределения молекул РНК по длинам 109
3.1.3. Краткие выводы 118
4. Зондовая микроскопия процессов конденсации ДНК 120
4.1. Исследование конформационных изменений ДНК при взаимодействии с поверхностно-активными веществами 124
4.1.1. Возможность исследования конформационных свойств комплексов ДНК-ПАВ методом СТМ .127
4.1.2. Определение геометрии комплексов ДНК-ПАВ, перешедших через границу раздела фаз вода/хлороформ, по результатам АСМ 129
4.2. Исследование изменений конформации ДНК в водно-спиртовых средах 138
4.2.1. Исследование сконденсированных в водно-спиртовой среде молекул ДНК при проведении исследований на воздухе 139
4.2.2. Исследование процессов конденсации ДНК непосредственно в водно-спиртовой среде 141
4.2.3. Краткие выводы 151
5. Применение метода АСМ для анализа структуры тонких органических пленок 152
5.1. Влияние процессов внедрения CdTe-кластеров на структуру тонкопленочных покрытий бегеновой кислоты 157
5.1.1. Экспериментальная часть 158
5.1.2. Результаты и их обсуждение 159
5.2. Исследование тонких пленок белков 172
5.3. Исследование влияния условий формирования покрытий и природы подложки на молекулярную упаковку тонких органических пленок 177
5.3.1. Результаты исследований молекулярной упаковки тонких пленок 189
Заключение 202
Выводы 205
Благодарность 206
Библиография 206
А. Приложение 220
