Введение
Глава 1. Методики качественной и количественной идентификации белков в смесях с применением масс-спектрометрии 10
Развитие применения масс-спектрометрии в протеомике 10
Подходы к идентификации белков методами масс-спектрометрии, существующие на данный момент 12
Peptide mass fingerprint 13
Подход bottom-up 14
Подход top-down 15
Секвенирование de novo 18
Метод точных массово-временных меток 19
Разрешающая способность и точность измерения масс 23
Масс-спектрометрия ИЦР ПФ 25
Подходы в количественной протеомике 29
Совмещение методов атомно-силовой микроскопии и масс-спектрометрии.32
Источники ионизации 35
Источник ионов на основе электрораспыления в вакуум 35
MALDI при атмосферном давлении 37
Источник MALDI при атмосферном давлении 37
APCI - химической ионизации при атмосферном давлении 41
Глава 2. База точных массово-временных меток для протеома мочи человека 42
Объект исследования 42
Методы исследования 44
Сбор образцов мочи 44
Подготовка проб для хромато-масс-спектрометрии 44
Хромато-масс-спектрометрия 45
Анализ данных и идентификация белков 47
Структура базы данных 49
Созданная база точных массово-временных меток для протеома мочи человека 52
Глава 3. Количественная протеомика 53
Пробоподготовка 53
Получение образцов мочи 53
Получение пептидов, меченных О 53
Хромато-масс-спектрометрический эксперимент 55
Обработка результатов эксперимента 55
Выделение моноизотопных пиков однозарядных ионов 55
Поиск по АМТ-базе 56
Объединение результатов поиска 56
Корректировка интенсивностей пиков 56
Схема сравнительно-количественного анализа 59
Модельный эксперимент 61
Глава 4. Подход к совмещению методов атомно-силовой микроскопии и масс-спектрометрии 64
Модельный эксперимент №1 65
Модельный эксперимент №2 66
Заключение 69
Список литературы
