Введение
1.Обзор литературы 11
1.1 Альтернативный сплайсинг 11
1.1.1 Распознавание сайтов сплайсинга через интрон и через экзон 14
1.1.2 Цис-регуляторные элементы сплайсинга 16
1.1.3 Котранскрипционный сплайсинг 19
1.1.4 Альтернативный сплайсинги структура белков 21
1.2 Посттрансляционные модификации 23
1.2.1 Фосфопротеомика 25
1.2.2 Структурные особенности сайтов фосфорилирования 29
1.2.3 Эволюционные особенности сайтов фосфорилирования 31
1.2.4 Нефункциональное и неспецифичное фосфорилирование 33
1.2.5 Протеомные исследования ацетилирования лизина 34
2.Данные и методы 38
2.1 Данные 38
2.1.1 Выборки удержанных и конститутивно сплайсируемых интронов 38
2.1.2 Выборки экзонов с мутациями в сайтах сплайсинга 39
2.1.3 Данные по включаемости кодонов 40
2.1.4 Сайты посттрансляционных модификаций 40
2.1.5 Контрольные выборки немодифицированных аминокислотных остатков 41
2.1.6 Ортологи модифицированных белков и филогене тические деревья 42
2.2 Методы и программное обеспечение 44
2.2.1 Веса сайтов сплайсинга 44
2.2.2 Плотность энхансеров и сайленсеров сплайсинга 45
2.2.3 Реконструкция эволюции сайтов модификаций 46
2.2.4 Предсказание неструктурированных областей белков 47
2.2.5 Проверка статистической значимости 48
2.2.6 Авторское программное обеспечение 48
З.Результаты и обсуждения 49
3.1 Ошибки сплайсинга 49
3.1.1 Удержанные интроны 50
3.1.2 Мутации в сайтах сплайсинга 58
3.1.3 Обсуждение результатов анализа удержанных интронов и мутаций в сайтах сплайсинга 61
3.2 Альтернативный сплайсинг и посттрансляционные модификации 65
3.2.1 Сайты фосфорилирования тяготеют к альтернативно сплайсируемым областям генов 65
3.2.2 Обсуждение взаимосвязи между альтернативным сплайсингом и посттрансляционными модификациями 67
3.3 Паттерны эволюции посттрансляционных модификаций 69
3.3.1 Паттерны замен сайтов фосфорилирования 70
3.3.2 Паттерны замен сайтов ацетилирования 78
3.3.3 Обсуждение анализа эволюции посттрансляционных модификаций 80
Основные результаты и выводы 83
Благодарности 84
Список литературы
