Введение
1 Содержание 2
2 Список сокращений 5
3 CLASS Введени CLASS е ...6
3.1.1 Актуальность проблемы 6
4 Методы молекулярно-филогенетического анализа 11
4.1.1 Методы филогенетической реконструкции на основе молекулярных данных 17
4.1.2 Методы построения филогенетических схем 21
4.1.3 Оценка надежности филогенетических построений 26
4.2 История формирования оз. Байкал и его фауны 27
4.2.1 Геологическая история и характеристика оз. Байкал 27
4.2.2 Климат Прибайкалья в кайнозое 30
4.3 Букеты видов байкальских беспозвоночных 32
4.3.1 История изучения байкальских амфипод 32
4.3.2 Краткая характеристика современной классификации байкальских амфипод 35
4.3.3 Происхождение и модели развития амфипод Байкала 36
4.3.4 Морфологические особенности и современная классификация байкальских олигохет семейства Lumbriculidae 38
4.3.5 Происхождение и модели развития олигохет Байкала 43
4.3.6 Состояние изученности и классификация современных Baicaliidae и Benedictiidae 49
4.3.7 Палеонтологическая летопись и проблема происхожденияи формирования байкальской малакофауны 53
5 Материалы и методы 56
5.1.1 Сбор образцов и выделение ДНК 56
2 Сбор материала 57
5.2.1 Выделение, амплификация и секвенирование ДНК 62
5.2.2 Методы филогенетического анализа 65
результаты , 69
6. Молекулярно-филогенетический анализ эволюционной истории байкальских амфипод 69
6.1.1 Сравнительный анализ фрагментов генов первой и третьей субъединиц митохондриальной цитохром с оксидазы (mtCOI, mtCOIII) по нуклеотидным и аминокислотным последовательностям амфипод76
6.1.2 Анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательности mtCOHI гена амфипод 77
6.1.3 Анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательности mtCOI исследуемых амфипод Байкала 81
6.1.4 Филогения байкальских амфипод, эволюционные взаимоотношения с небайкальскими гаммаридами 96
6.1.5 Молекулярная эволюция mtCOI и mtCOIII байкальских амфипод, оценка неравномерности накопления нуклеотидных и аминокислотных замен 105
6.1.6 Возраст дивергенции байкальских амфипод 114
6.1.7 Модель развития амфиподной фауны в озере, гипотеза полифилетического происхождения байкальских амфипод 120
6.2 Филогенетические реконструкции эволюционных взаимоотношений среди байкальских люмбрикулид 124
6.2.1 Нуклеотидные последовательности фрагментов гена первой субъединицы митохондриальной цитохром с оксидазы люмбрикулид 124
6.2.2 Сравнительный анализ последовательностей фрагментов гена mtCOI 124
6.2.3 Анализ филогенетических взаимоотношений байкальских люмбрикулид на основе последовательностей СО 1 127
6.3 Оценка времени видовой радиации байкальских люмбрикулид 134
6.4 Филогенетические взаимоотношения в букетах видов байкальских эндемичных гастропод 137
6.4.1 Нуклеотидный состав и вариабельность полученных последовательностей ДНК 137
6.4.2 Анализ филогенетических взаимоотношений видов сем. Baicaliidae 143
6.4.3 Анализ филогенетических взаимоотношений видов сем. Benedictiidae 150
6.4.4 Оценка временной шкалы эволюции байкальских моллюсков 151
6.4.5 Модель эволюции семейств Baicaliidae и Benedictiidae в контексте геоклиматической истории оз. Байкал 161
6.5 Эволюционные реконструкции филогении байкальских моллюсков рода Choanomphalus 171
Заключение 177
Выводы 182
Литература 184
