Введение
Глава 1. Структура и динамика биомембран 6
1.1. Биологические мембраны, строение и функции 6
1.2. Исследование структуры биологических мембран 14
1.3. Динамика липидов 19
1.4. Молекулярная динамика 21
Глава 2. Метод молекулярной динамики 30
2.1. Силовое поле в методе молекулярной динамики 33
2.2. Численное интегрирование 42
2.3. Контроль температуры и давления 45
2.4. Ансамбли в молекулярной динамике 49
2.5. Неравновесная молекулярная динамика 51
Глава 3. Сравнительное изучение молекулярной динамики гидратированных мембран различного липидного состава 52
3.1. Постановка задачи 52
3.2. Протокол молекулярной динамики 53
3.3. Релаксация бислоя 56
3.4. Флуктуации параметров бислоя 58
3.5. Распределения электронной плотности 62
3.6. Радиальные функции распределения 63
3.7. Параметры порядка 65
3.8. Латеральная диффузия липидов 66
Глава 4. Исследование проницаемости мембранных структур для ряда низкомолекулярных лигандов 69
4.1. Постановка задачи 69
4.2. Протокол молекулярной динамики 70
4.3. Результаты и обсуждение 73
Выводы 87
Благодарности 88
Литература 89
Приложение 1 106
Приложение 2 108
