СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ……………………………………………….… 4
ВВЕДЕНИЕ …………………...……………………………………………… 6
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ..……………………………………….. 13
1.1 Общая характеристика озера Байкал………………………………...........
1.1.2 Современное состояние экосистемы Байкала…………………………
13
15
1.2 Спонгиофауна озера Байкал……………………………………………… 17
1.3 Изучение внутри- и межвидовых взаимоотношений губок с помощью
молекулярно-генетических маркеров……………………………………….
22
1.4 Микросателлитные маркеры для изучения внутри- и межвидовых
взаимоотношений……………………………………………………………..
1.4.1 Разработка микросателлитных маркеров……………………………..
25
27
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ …………………………………… 29
2.1 Сбор образцов……………………………………………………………... 29
2.2 Выделение ДНК…………………………………………………………… 33
2.3 Амплификация и генотипирование……………………………………… 34
2.4 Разработка микросателлитных маркеров……………………………….. 35
2.5 Анализ данных…………………………………………………………..... 36
2.5.1 Анализ данных секвенирования ……………………………………… 36
2.5.2 Анализ геномных и транскриптомных данных ……………………… 36
2.5.3 Анализ микросателлитных данных…………………………………… 36
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ…………………………… 40
3.1 Изучение внутри и межвидовых взаимоотношений Lubomirskiidae и
Spongillidae с помощью двух участков гена COI………………………..
40
3.2 Разработка наборов универсальных и видоспецифичных
микросателлитных маркеров для близкородственных видов губок…..
41
3.2.1 Тестирование кросс-видовой специфичности микросателлитных
3
маркеров ……………………………………………………………….. 42
3.2.2 Разработка наборов микросателлитных маркеров de novo для
представителей Spongillidae и Lubomirskiidae………………………..
47
3.2.2.1 Тестирование двух подходов для наиболее эффективной
разработки микросателлитных маркеров для Lubomirskia baikalensis
47
3.2.2.2 Разработка микросателлитных маркеров для Ephydatia muelleri…... 51
3.2.2.3 Определение уровня межвидовой специфичности
микросателлитных маркеров внутри семейства Lubomirskiidae…………....
53
3.2.3 Анализ геномных и транскриптомных данных L. baikalensis и
E.muelleri…………………………………………................................
58
3.3 Изучение внутри- и межвидовых взаимоотношений Lubomirskiidae
и Spongillidae с помощью микросателлитных маркеров…………….
60
3.3.1 Изучение межвидовых взаимоотношений Lubomirskiidae ………… 60
3.3.2 Анализ внутри- и межвидовой разрешающей способности
микросателлитных маркеров……………………………………….....
64
3.3.3 Анализ популяционно-генетической структуры L. baikalensis……… 67
3.3.3.1 Тест на равновесие Харди-Вайнберга…………………………….. 67
3.3.3.2 Генетическое разнообразие между популяциями………………… 69
3.3.3.3 Паттерны миграции…………………………………………………. 76
3.3.3.4 Демографическая история ………………………………………….. 80
3.3.4 Анализ популяционно-генетической структуры E. muelleri……….... 83
ЗАКЛЮЧЕНИЕ………………………………………………………………. 87
ВЫВОДЫ…………………………………………………………………….. 90
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ…………………………………........................... 91
ПРИЛОЖЕНИЯ……………………………………………………………… 112
