Оглавление
Введение ......................................................................................................................... 5
Глава 1. Обзор литературы....................................................................................... 11
1.1. Амфиподы древних озер как модельный объект для различных
исследований и среда их обитания ......................................................................... 11
1.2. Система неспецифического стресс-ответа и белки теплового шока ............ 14
1.2.1. Белки теплового шока: строение, функции, механизм действия........... 14
1.2.2. Основная роль белков теплового шока в стрессовых условиях у
гидробионтов ........................................................................................................ 18
1.2.3. История изучения белков теплового шока байкальских водных
организмов ............................................................................................................ 23
1.3. Микроспоридиальные паразиты и их влияние на физиологию амфипод.... 26
1.2.1. Филогения микроспоридий ....................................................................... 27
1.2.2. Микроспоридии: общие сведения............................................................. 29
1.2.3. Микроспоридии амфипод Байкала ........................................................... 35
1.2.4. Микроспоридии гидробионтов ................................................................. 36
Глава 2. Материалы и методы ................................................................................. 39
2.1. Объект исследования ........................................................................................ 39
2.2. Систематика и экология изучаемых видов ..................................................... 40
2.3. Сбор, определение и фиксация амфипод ........................................................ 51
2.4. Содержание амфипод в лабораторных условиях ........................................... 52
2.5. Методика проведения экспериментов ............................................................. 53
2.6. Молекулярно-биологические методы исследования ..................................... 54
2.6.1. Подбор праймеров ...................................................................................... 54
2.6.2. Выделение нуклеиновых кислот............................................................... 56
2.6.3. Электрофорез в агарозном геле................................................................. 57
2.6.4. Определение концентрации нуклеиновых кислот .................................. 57
2.6.5. Полимеразная цепная реакция и очистка ПЦР-продуктов..................... 58
2.6.6. Клонирование ПЦР-продукта и секвенирование .................................... 64
2.7. Статистические и биоинформатические методы исследования ................... 67
2.7.1. Анализ нуклеотидных последовательностей и филогения .................... 67
2.7.2. Индекс Симпсона ....................................................................................... 68
2.7.3. Оценка степени зараженности микроспоридиями отдельных особей
амфипод................................................................................................................. 68
2.7.4. Поиск РНК микроспоридий в транскриптомных данных ...................... 70
2.7.5. Статистическая обработка данных ........................................................... 71
3
Глава 3. Анализ экспрессии
бтш70
у байкальских амфипод
............................
72
3.1. Анализ экспрессии
бтш70
у представителей двух разных популяций
(южной и северной)
Eulimnogammarus verrucosus
................................................
72
3.2. Описание транскриптов гена
бтш70
байкальских амфипод, синтезируемых
в ответ на повышение температуры
.......................................................................
74
Глава 4. Экспрессия
бтш70
у байкальских амфипод при воздействии
температуры и гидростатического давления
........................................................
77
4.1. Экспрессия
бтш70
у литоральных видов байкальских амфипод при
температурном воздействии
....................................................................................
77
4
.2.
Экспрессия
бтш70
у глубоководного вида байкальских амфипод
O. flavus
при температурном воздействии
и изменении гидростатического давления
....
80
Глава 5.
Разнообразие микроспоридий и влияние их на стресс-ответ амфипод
Байкальского региона
...............................................................................................
82
5.1. Разнообразие микроспоридий байкальских эндемичных амфипод
.............
84
5.2. Индекс генетического разнообразия Симпсона для микроспоридий
байкальских амфипод
...............................................................................................
93
5.3. Процент зараженности микроспоридиями байкальских амфипод
...............
95
5.4. Генетическое разнообразие микроспоридий голарктического вида амфипод
Gammarus lacustris
....................................................................................................
96
5.5. Поиск мсрРНК микроспоридий в транскриптомных данных
.......................
99
5.6
.
Экспрессия
бтш70
у голарктического вида амфипод
Gammarus lacustris
при
температурном воздействии
и заражении микроспоридиями
...........................
101
Глава 6. Обсуждение. Биотические и абиотические факторы в стресс-ответе
амфипод Байкальского региона
............................................................................
103
6.1. Стресс-ответ у гидробионтов, адаптированных к низким температурам
..
103
6.2. Микроспоридии амфипод
...............................................................................
107
6.3. Поиск и изучение стресс-индуцируемых форм у эндемичных байкальских
амфипод
...................................................................................................................
113
Выводы
.......................................................................................................................
117
Список сокращений
.................................................................................................
118
Список литературы
..................................................................................................
119
Приложение 1.
География исследований БТШ/бтш70 гидробионтов
.................
150
Приложение 2.
Список видов амфипод, в которых искали микроспоридий
......
152
Приложение 3.
GenBank
(
NCBI
) номера всех последовательностей мсрДНК
микроспоридий полученных в данном исследовании
............................................
154
Приложение 4.
GenBank
(
NCBI
) номера всех последовательностей мсрДНК
микроспоридий
Gammarus lacustris
..........................................................................
157
