Введение
Глава 1. CLASS Обзор литератур CLASS ы 8
Антисмысловые олигонуклеотиды и их производные -потенциальные средства борьбы с патогенными микроорганизмами 8
1.1. Введение 8
1.2. Структура, химический состав и функции клеточной стенки прокариот.. 9
1.3. Барьерные функции клеточных стенок бактерий 15
1.3.1. Внешняя мембрана грамотрицательных бактерий 15
1.3.2. Мшобактериаяьная клеточная стенка 19
1.4. Методы доставки антисмысловых олигонуклеотидов и их производных в клетки бактерий 21
1.4.1. Использование липосом в качестве средства доставки олигонуклеотидов 22
1.4.2. Использование пик и пептид-пнк конъюгатов для подавления роста бактериальных клеток 25
1.4.3. Доставка олигонуклеотидов и их производных в клетки микобактерий. 33
1.5. Выбор рнк-мишеней для подавления роста и жизнедеятельности бактерий с помощью антисмысловых олигонуклеотидов и их производных 37
Глава 2. Материалы и методы 43
2.1. Материалы 43
2.2. Олигонуклеотиды 44
2.3. Методы 45
2.3.1. Введение 32р метки по 5-концевому положению олигонуклеотидов 45
2.3.2. Модификация днк диэтилпирокарбонатом 45
2.3.3. Модификация днк кмпо4 46
2.3.4. Гидролиз днк эндонуклеазой s1 47
2.3.5. Гидролиз днкрестриктазой ватш 47
2.3.6. Фотомодификация днк-мишени 48
2.3.7. Получение рнк с помощью реакции транскрипции in vitro 48
2.3.8. Выделение рибосом ирибосомных субчастиц из м. Smegmalis и е. Col:... 50
2.3.9. Гибридизация опигонуклеотидов с рнк-транскриптом 51
2.3.10. Гибридизация опигонуклеотидов с 23sррнкв составе рибосом и рибосомных субчастиц 51
2.3.11. Синтез дипептида phe-phe на рибосомах 52
Глава 3. Результаты и обсуждение 53
3.1. Структурная подвижность шпилечного днк-элемента, расположенною в u3 области длинных концевых повторов 1731 ретротранспозона drosophila melanogaster 53
3.1.1. Исследование вторичной структуры фрагментов вс и комплементарного ему впс 54
3.1.2. Анализ структуры вс с помощью макроциклов, созданных на основе акридина 62
3.2. Исследование влияния образования комплексов олигонуклеотидов со шпилечной днк-мишенью на структурную организацию и функционирование близлежащих областей днк 68
3.2.1. Антисмысловые олигонуклеотиды модулируют расщепление комплекса 69t-ol7рестриктазой ватш 71
3.2.2. 3 -область 69т-мишени взаимодействует с ее 5 -областью 75
3.2.3. Комплекс ol1-69t-ol 7 образуется с участием несовершенных триплексов 77
3.2.4. 5 -область ol5 взаимодействует с мишенью 69т 83
3.3. Повышение специфичности связывания антисмысловых олигонуклеотидов при использовании в качестве мишени рнк-шпилек 88
3.3.1. Олигонуклеотиды способны специфично связываться с областью а-сарциновой петли 23spphkm. Tuberculosis 88
3.3.2. Взаимодействие олигонуклеотидов с 70s рибосомами м. Smegmatis и е. Coli, и влияние их на функциональную активность рибосом 95
Выводы 99
Список литературы 101
