Введение
Глава 1. Обзор литературы 10
1.1. Мобильные элементы 10
1.2. Non-LTR-ретротранспозоны 13
1.2.1. Структура non-LTR-ретротранспозонов 16
1.2.2. Механизм перемещения non-LTR-ретротранспозонов 19
1.2.3. Взаимодействие non-LTR-ретротранспозонов и организма хозяина 26
1.2.4. Регуляция с использованием малых РНК 28
1.2.5. Внутриклеточная защита с использование белков семейства APOBEC 29
1.2.6. Особенности регуляции МЭ в геномах растений 30
1.2.7. Эволюция и классификация non-LTR-ретротранспозонов на основе домена обратной транскриптазы 31
1.2.8. Эволюция non-LTR-ретротранспозонов на основе рибонуклеазы H 37
1.2.9. Модульная эволюция non-LTR-ретротранспозонов 39
1.2.10. Горизонтальный перенос non-LTR-ретротранспозонов 40
1.2.11. Эволюция и разнообразие non-LTR-ретротранспозонов растений 43
Глава 2. Материалы и методы 46
2.1. Биоинформатический анализ распространения и эволюции L1-non-LTR ретротранспозонов в геномах растений 46
2.1.1. Поиск и филогенетический анализ L1-non-LTR-ретротранспозонов в геномах растений 46
2.1.2. Идентификация структурных характеристик L1-non-LTR-ретротранспозонов растений 49
2.1.3. Сравнительный анализ домена рибонуклеазы H L1-non-LTR-ретротранспозонов 49
2.2. Экспериментальные исследования 50
2.2.1. Конструирование плазмид и очистка белка 50
2.2.2. Исследование активности рекомбинантной рибонуклеазы Н 51
Глава 3. Результаты 53
3.1. NSLP-элементы специфичны для несеменных растений 61
3.2. BNR-элементы специфичны для двудольных растений и содержат уникальный RRM-домен 61
3.3. PUR-элементы специфичны для двудольных растений и содержат PUR-домен 63
3.4. Cin4-элементы специфичны для геномов однодольных растений 66
3.5. Ta11-элементы присутствуют в геномах как однодольных, так и двудольных растений и содержат домен рибонуклеазы H 68
3.6. Домен рибонуклеазы Н Ta11-ретротанспозонов растений 70
3.7. Активность домена рибонуклеазы Н Ta11-ретротранспозонов in vitro 76
Глава 4. Обсуждение. Модульная эволюция L1-non-LTR-ретротранспозонов
растений 80
Заключение 83
Список используемой литературы 85
