Введение
ГЛАВА I. Литературный обзор 12
1.1. Роль тимидинфосфорилазы в организме человека 12
1.2. Роль TP в воспалительных процессах 13
1.3. Участие TP в митохондриальной неврогастроинтестинальной энцефаломиопатии 15
1.4. Tp при онкологических заболеваниях 17
1.5. Структура tp 19
1.5.1. Общие сведения 19
1.5.2. Активный центр
1.5.2.1. Сайт связывания фосфат-аниона 23
1.5.2.2. Сайт связывания нуклеозида
1.5.3. Химико-кинетические исследования TP 26
1.5.4. Компьютерное моделирование TP 29
1.6. Ингибиторы TP 32
1.6.1. Производные пиримидина 35
1.6.2. Производные пурина 36
1.6.3. Ингибиторы TP ненуклеозидной природы 37
1.7. TP во фторопиримидиновой химиотерапии 38
1.7.1. 5-фторурацил 38
1.7.2. Пролекарства на основе 5ФУ 40
1.8. Влияние PYNP в бактериях рода mycoplasma на фторпиримидиновую химиотерапию 42
ГЛАВА II. Экспериментальная часть 45
11.1. Химические материалы 45
11.2. Программное обеспечение 45
11.3. Получение препаратов белков
11.3.1. Клонирование и экспрессия гена тимидинфосфорилазы deoA из Salmonella typhimurium 46
11.3.2. Клонирование и экспрессия гена PyNP из Bacillus subtilis 48
11.3.3. Клонирование гена уридинфосфорилазы Yersinia pseudotuberculosis 49
11.3.4. Выделение и очистка StTP 50
11.3.5. Выделение и очистка BsPyNP 51
11.3.6. Выделение и очистка YptUP 52
11.4. Кристаллизация 53
11.5. Получение экспериментального набора интенсивностей 56
11.6. Обработка рентгенодифракционных данных 56
11.7. Решение и уточнение пространственных структур
11.8. Молекулярный докинг 62
Ii.8.1. Виртуальный скриннинг лигандов – специфичных ингибиторов pynp
11.9. Молекулярно-динамическое моделирование. 65
Ii.9.1. Термодинамическое интегрирование 67
11.10. Квантово-механическое/молекулярно-механическое моделирование. 68
Глава III. Результаты и обсуждение 70
111.1. Кристаллическая упаковка STTP 70
111.2. Пространственная структура STTP
111.2. Пространственная структура bspynp и ее сравнение с STTP 79
111.3. Влияние междоменных взаимодействий pynp и tp на их субстратную специфичность 82
111.4. Активный центр 111.
4.1. Фосфат-связывающий сайт 84
111.4.2. Влияние различий пространственной организации фосфатсвязывающего сайта PyNP и TP на их субстратную специфичность. 86
III.4.3.Нуклеозид -связывающий сайт 87
111.5. Молекулярное моделирование потенциальных ингибиторов pynp. 91
111.6. Буферизирующий сайт связывания тимидина и уридина 93
111.7. Комплекс sttp с цитидином 97
111.8. Компьютерное моделирование взаимодействия sttp с аналогами неконкурентного ингибитора tp kin59 98
111.9. Компьютерное моделирование взаимодействия sttp с триметопримом 105
111.10. Пространственная структура уридинфосфорилазы из yersinia pseudotuberculosis. 107
Iii.10.1. Пространственная организация активного центра yptup. 108
111.11. Компьютерное моделирование взаимодействия yptup с триметопримом 109
111.12. Комплекс yptup с модифицированным триметопримом 53i 110
Выводы 114
Благодарности 118
Список литературы
