Введение
Глава I. Теоретический конформационный анализ олиго-пептидов 10
1.1. Вычисление потенциальной энергии 10
1.2. Конформационные состояния монопептидов 16
1.3. Методика расчета пространственного строения пептидов 19
1.4. Пространственная организация природных олиго-пептидов 26
1.5. Сопоставление результатов теоретических работ с экспериментальными данными 30
Глава 2. Методика расчета пространственных структур молекул тертиапина и МРР-пептида. 33
2.1. Тактика выбора фрагментов пептидной цепи 33
2.2. Изучение тетрапептидных участков 36
2.3. Классификация структур основной цепи 38
2.4. Вычисление потенциальной энергии 45
2.5. Выбор оптимального метода минимизации энергии 48
2.6. Построение конформационных карт 50
2.7. Новый комплекс вычислительных программ для теоретического конформационного анализа 55
2.8. Изучение подвижности боковых цепей на промежуточных этапах расчета .61
Глава 3. Конформационный анализ молекулы тертиапина. 63
3.1. Формирование нуклеаций на участках Cys^-ile^ и Ile^-Cys14 .63
3.2. Взаимодействие нуклеаций и образование цикличес-Ъ 14
кой структуры с дисульфидной связью Cys^-Cys 81
3.3. Укладка лабильных участков и формирование второй дисульфидной связи .84
3.4. Трехмерная структура и конформационные возможности молекулы тертиавдна 90
Глава 4. Расчет трехмерной структуры МОР-пептида 102
4.1. Формирование нуклеации на участке Lys11-Cys MCD-пептида 15
102
4.2. Укладка участка Cys^-Cys1^ и образование первой дисульфидной связи MOD -пептида. 106
4.3. Формирование второй дисульфидной связи Cys5-
Cys19 116
4.4. Трехмерная структура и конформационные возможности молекулы MCD-пептида. Сопоставление с литературными данными 118
Глава 5. Сравнительный анализ пространственных структур молекул тертиапина и МОР -пептида 127
5.1. Влияние аминокислотных замен на пространственную организацию молекул тертиапина и MOD -пептида 127
5.2. Энергетика взаимодействий. 154-
5.3. Конформацйонный механизм образования дисульфидных связей и их роль в стабилизации трехмерных структур олигопептидов 137
Выводы 140
литература 141
