ВВЕДЕНИЕ ...................................................................................................................... 4
ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР ........................................................................................... 10
ГЛАВА 1 СВЯЗЫВАНИЕ С СЫВОРОТОЧНЫМ АЛЬБУМИНОМ ....................... 10
1.1 Сывороточный альбумин ....................................................................................... 10
1.2 Экспериментальные методы определения констант связывания ...................... 13
1.2.1 Тушение флуоресценции ..................................................................................... 13
1.2.2 Ядерный магнитный резонанс ............................................................................ 19
1.2.3 Равновесный диализ ............................................................................................. 22
1.2.4 Высокоэффективная жидкостная хроматография ............................................ 24
1.2.5 Изотермическая титрационная калориметрия .................................................. 26
1.2.6 Дифференциальная сканирующая калориметрия ............................................. 27
1.3 Использование вычислительных методов для предсказания констант
связывания с альбумином ............................................................................................. 31
1.3.1 Молекулярный докинг ......................................................................................... 32
1.3.2 Молекулярная динамика ..................................................................................... 33
1.3.3 Соотношения структура-свойство для связывания с альбумином ................. 36
Основные задачи исследования ................................................................................... 46
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ ............................................................................. 48
ГЛАВА 2 ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ ............................................ 48
2.1 Объекты исследования ........................................................................................... 48
2.2 Метод дифференциальной сканирующей калориметрии ................................... 49
2.3 Изучение кинетики фибриллообразования альбумина в присутствии
различных лигандов ...................................................................................................... 49
2.4 Определение констант связывания серии изучаемых лигандов методом
спектрофлуориметрии .................................................................................................. 50
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ .............................................................................. 53
ГЛАВА 3 КОНСТАНТЫ СВЯЗЫВАНИЯ АЛЬБУМИНА С ЛИГАНДАМИ ........ 53
3.1 Создание базы данных констант связывания альбуминов млекопитающих с
лекарственными соединениями ................................................................................... 53
3.1.1 Источники литературных данных ...................................................................... 53
3.1.2 Анализ собранных данных .................................................................................. 56
3.2 Разработка и апробация методики определения констант связывания
органических лигандов с альбумином методом ДСК ............................................... 623
3.2.1 Разработка модели ................................................................................................ 62
3.2.2 Связывание напроксена с БСА ........................................................................... 70
3.2.3 Связывание варфарина с БСА ............................................................................. 73
3.2.4 Связывание ибупрофена с БСА .......................................................................... 75
3.2.5 Связывание толбутамида с БСА ......................................................................... 77
3.2.6 Связывание хлорпропамида с БСА .................................................................... 79
3.2.7 Связывание фенилбутазона с БСА ..................................................................... 80
3.2.8 Связывание мелоксикама с БСА ......................................................................... 82
3.2.9 Связывание изониазида с БСА ........................................................................... 84
3.2.10 Связывание ампициллина (натриевой соли) с БСА ....................................... 85
3.3 Константы связывания с замещенными бензойными кислотами ...................... 86
3.4 Молекулярный докинг ............................................................................................ 93
3.5 Соотношения между структурой и аффинностью к альбумину для широкого
круга лигандов ............................................................................................................. 110
3.6 Фибриллообразование альбумина в присутствии лигандов с разной
аффинностью ............................................................................................................... 117
ЗАКЛЮЧЕНИЕ ........................................................................................................... 132
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ ........................................................................................... 134
