Введение
Глава 1. Первичный анализ регуляции генов 14
1.1. Основные понятия и определения . 14
1.2. Создание базы знаний о факторах и предсказание сайтов связывания 19
1.3. Обработка экспериментальных данных и предсказание регулирующих факторов 30 CLASS Глава 2. Модель регуляторного комплекса 34 CLASS
2.1. Постановка задачи 34
2.2. Построение модели 37
2.2.1. Конструирование и анализ алгоритма оконного класса моделей 37
2.2.2. Конструирование булева класса моделей 44
2.3. Целевая функция 49
2.4. Поиск оптимального комплекса 54
2.4.1. Выбор эффективного алгоритма поиска 54
2.4.2. Операторы создания и мутации 58
2.4.3. Оператор кроссовера , 59
2.5. Обобщённый класс моделей: унификация знаний о сайтах и факторах 62
2.5.1. Общая структура 62
2.5.2. Подкомплекс: семантика и структура 64
2.5.3. Вес обобщённого комплекса , 73
2.5.4. Эффективная программная реализация математической модели обобщенного комплекса 76
2.5.5. Операторы создания, мутации и кроссовера в обобщённом классе 81
2.6. Обобщённая целевая функция 86
2.6.1. Компоненты целевой функции ..86
2.6.2. Ограничения обобщённой целевой функции 97
Глава 3. Взаимодействие с пользователем и оценка качества 100
3.1. Вычисление комплекса и вывод результата 100
3.2. Методы оценки качества результата 103
3.2.1. Мультизапуск: проверка устойчивости поведения генетического алгоритма ,.103
3.2.2. Запуск с кластеризацией 114
3.2.3. Запуск с расщеплением выборки: достоверность результата и переобучение .117
3.3. Значимость компонентов подкомплекса 117
Глава 4. Реализация и тестирование 121
4.1. Реализация СМА 121
4.2. Тестирование СМА 128
4.2.1. Тестирование на искусственных данных ...128
4.2.2. Тестирование на экспериментальных данных І36
4.3. Система ExPlain 142
Заключение 148
Список литературы
