Введение
Глава 1. Введение 4
1. Актуальность темы 4
2. Цель и задачи исследования 5
3. Новизна и практическая ценность 6
4. Обзор литературы 7
Глава 2. Методы 28
1. Основные определения и допущения 28
2. Новые алгоритмы, разработанные для предсказания СДП и функционально важных сайтов 28
a. Алгоритм для поиска позиций, определяющих специфичность белка (СДП) 29
b. Алгоритм для предсказания специфичности новых белков на основе СДП 34
c. Алгоритм для предсказания функционально важных сайтов в структуре белка 37
d. Алгоритм для автоматического выделения групп специфичности 41
3. Статистическая оценка качества предсказания 43
4. Стандартные программы и ресурсы 43
Глава 3. Программа для предсказания позиций, определяющих специфичность белка (СДП), ее тестирование и применение 45
1. Общее описание программы 45
2. Описание веб-сервера, реализующего алгоритм SDPpred 46
3. Тестирование SDPpred на примере семейства бактериальных факторов транскрипции Lad 51
4. Применение SDPpred 58
a. Предсказание СДП для бактериальных транспортеров семейства МІР 59
b. Предсказание СДП для бактериальных факторов трансляции RF1 и RF2...65
c. Предсказание СДП для консервативного домена различных семейств аннексинов позвоночных 69
d. Предсказание СДП для НАД- и НАДФ-зависимых изоцитрат- и изопропилмалатдегидрогеназ 74
Глава 4. Программа для предсказания функциональных сайтов, ее тестирование и применение 83
1. Общее описание алгоритма 83
2. Описание веб-сервера, реализующего алгоритм SDPsite 84
3. Тестирование SDPsite 89
a. Тестирование SDPsite на примере семейства бактериальных факторов транскрипции Lad 90
b. Сравнение с другими методами 95
c. Тестирование SDPsite на базе данных CDD 99
4. Применение SDPsite 103
Глава 5. Обсуждение 111
Глава 6. Выводы 119
Литература 121
