Введение
ГЛАВА 1. Анализ аминокислотных последовательностей для предсказания родственных связей, структурных и функциональных особенностей кодируемых ими белков (обзор литературы) 9
1.1 Предсказание функции, структуры и родственных связей белка по его аминокислотной последовательности: основные проблемы 9
1 2 Методы анализа аминокислотных последовательностей и реализующие их программные продукты 11
1 2 1. Прямое сравнение последовательностей 11
1.2 2. «Вторичные» базы данных 17
1 2.2.1. Базы данных профилей 17
1222 Базы данных одною мошва 24
1 2 2 3. Базы данных множественных мотивов 27
1224SBASE 31
123 Интегрированные базы данных 32
1 3 Методы предсказания функции, основанные на структурных данных 39
ГЛАВА 2. Построение банка образов белковых семейств profpat и принципы работы с ним 47
2 1 Формирование и выравнивание групп родственных белков 47
2 2 Формирование образов белковых семейств 49
2 3 Сравнение аминокислотных последовательностей с образами 52
2 4 Сравнение образов с банком Swiss-Prot 54
2 5 Программное обеспечение 55
2 6 Сетевая версия 59
2 7 Ввод данных и представление результатов 59
ГЛАВА 3. Обновление и поддержка банка prof pat 67
ГЛАВА 4. Анализ некоторых особенностей банка prof pat 76
4 1 Разделение случайного и значимого сходства 76
4 2 Сравнение чувствительности и специфичности банка ProfPat при разных параметрах поиска 81
4.3 Количественная оценка чувствительности и специфичности банка ProfPat 86
4 4 Оценка числа белковых семейств, представленных в ProfPat 86
ГЛАВА 5. Сравнение с другими «вторичными» базами данных. 91
ГЛАВА 6. Примеры использования prof pat 99
6 1 Использование банка ProfPat для аннотирования полных геномов 99
6 2 Использование банка ProfPat для аннотирования последовательностей в базах
данных 106
Заключение 107
Выводы 111
Литература
