Введение
Глава 1. Анализ состояния методов молекулярной динамики и атомно силовой микроскопии в приложении к исследованию класса белков с неструктурированными участками 14
1.1 Компьютерное моделирование биомакромолекул методом молекулярной динамики 14
1.2 Стадии компьютерного моделирования биополимеров методом молекулярной динамики. 17
1.3 Некоторые ограничения и проблемы метода молекулярной динамики 25
1.4 Сканирующая зондовая микроскопия и ее возможности
1.4.1 Принципы работы сканирующих зондовых микроскопов 29
1.4.2 Атомно-силовая микроскопия 32
1.4.3 Особенности зондовой микроскопии белков 34
1.5 Существующие методы коррекции и уточнения изображений атомно силовой микроскопии биополимеров 37
Глава 2. Разработка метода молекулярной динамики в приложении к сравнению данных с данными атомно-силовой микроскопии 42
2.1 Исследование качества локальной энергетической минимизации для уточнения структур, полученных методом РСА 42
2.1.1 Методы 43
2.1.2 Результаты и обсуждение 49
2.1.3 Выводы 54
2.2 Исследование проблемы предсказания структуры нерасшифрованных частей белка 55
2.2.1 Методы 56
2.2.2 Результаты и обсуждение 61
2.2.3 Выводы 66
2.3 Создание силовых полей для подложек 66
2.3.1 Строение и параметризация силовых полей в среде Gromacs 67
2.3.2 Параметризация для графита. 70
2.3.3 Параметризация для молекулы GM. 71
2.3.4 Параметризация для подложек из оксида кремния 74
2.3.5 Результаты и обсуждение 77
Глава 3. Исследование биологически важных конформаций класса белков, имеющих неструктурированные участки, методами МД и АСМ 79
3.1 Фибриллообразование 70-субъединицы РНК полимеразы E.coli 79
3.1.1 Результаты и обсуждение 82
3.1.2 Выводы 89
3.2 Исследование адсорбции фибриногена на модифицированные поверхности слюды и графита . 89
3.2.1 Материалы и методы 92
3.2.2 Результаты и обсуждение 93
3.2.3 Выводы 95
3.3 Исследование адсорбции лизоцима на поверхность слюды методами АСМ и МД 96
3.3.1 Материалы и методы 97
3.3.2 Результаты и обсуждение. 106
3.3.3 Выводы 108
Заключение 109
Благодарность 112
Список литературы
