Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 8
1.1. Транскриптомика и экспрессионные микрочипы 8
1.1.1. Экспрессионные микрочипы 8
1.1.2. Экспрессионные микрочипы и РНК-секвенирование 9
1.1.3. Накопление данных в базах 11
1.2. Генные сети коэкспрессии
1.2.1. Методы анализа генных сетей коэкспрессии 14
1.2.2. Актуальные методические проблемы анализа коэкспрессии
1.2.2.1. Анализ коэкспрессии в полногеномном масштабе 18
1.2.2.2. Верификация предсказаний функций генов 20
1.3. Анализ транскриптома при исследовании опухолевых заболеваний 23
1.3.1. Полногеномные данные в онкологии 23
1.3.2. Анализ коэкспрессии генов в исследованиях и лечении рака 25
1.3.3. Глиальные опухоли мозга
1.3.3.1. Общая характеристика глиом 30
1.3.3.2. Задача понимания гетерогенности глиом 32
1.3.3.3. Задача изучения регуляции сигнальных путей Гі 39
1.3.3.4. Задача поиска потенциальных терапевтических мишеней 41
ГЛАВА 2. Методы 45
Глава 3. Результаты и обсуждение 52
3.1. Решение методических проблем в области работы с экспрессионными данными 52
3.1.1. Создание программы поиска и загрузки данных 52
3.1.2. Разработка метода полногеномного анализа коэкспрессии 55
3.2. Проверка возможности верификации экспрессионных предсказаний с помощью протсомной базы Human Protein Atlas 64
3.2.1. Поиск модуля, связанного с ресничками, в транскриптоме человека 64
3.2.2. Определение консенсусного генного состава модуля 66
3.2.3. Предсказание новых генов, функционально связанных с ресничками Л .
3.2.4. Верификация предсказаний с помощью Human Protein Atlas 69
3.3. Изучение биологии глиом методами генных сетей коэкспрессии 73
3.3.1. Общая характеристика структуры транскриптома глиом 73
3.3.1.1. Поиск модулей коэкспрессирующихся генов 74
3.3.1.2. Проверка воспроизводимости модулей 75 .
3.3.1.3. Биологическая аннотация модулей 78
3.3.1.4. Характеристика взаимосвязей между модулями 78
3.3.2. Обнаружение проастроцитарного экспрессионного класса глиом 81
3.3.2.1. Определение проастроцитарного класса опухолей 82
3.3.2.2. Проастроцитарный класс характеризуется благоприятным прогнозом 82
3.3.2.3. Связь проастроцитарного класса с пронейральным 85
3.3.2.4. Сравнение схемы классификации глиом с предложенными ранее 86
3.3.2.5. Потенциальное прикладное значение проастроцитарных маркеров
3.3.3. Предсказание участия белков Sprouty в регуляции пути EGFR в глиомах 88
3.3.4. Поиск потенциальных терапевтических мишеней в глиомах
3.3.4.1. Изучение расположения известных мишеней в модулях коэкспрессии 91
3.3.4.2. Поиск новых потенциальных мишеней 94
Выводы 100
Список литературы
