Введение
Глава 1. Обзор литературы 11
1.1. Эпидемиология и клиническая диагностика рака почки 11
1.2. ДНК-диагностика наследственных форм рака почки 13
1.3. Молекулярно-генетические маркеры спорадического рака почки 22
1.4. Инактивация гена VHL при светлоклеточном раке почки 23
1.5. Аллельные делеции генов-супрессоров 27
1.6. Метилирование CpG-динуклеотидов у человека 33
1.7. Методы анализа метилирования 36
1.8. Метилирование генов-супрессоров при раке почки 38
1.9. Полиморфизмы генов предрасположенности 44
Глава 2. Материалы и методы 50
2.1. Клинический материал 50
2.2. Выделение ДНК из различного клинического материала 51
2.3. Анализ мутаций в кодирующей части гена VHL 52
2.4. Анализ потери гетерозиготносте 53
2.5. Обработка геномной ДНК метилчувствительной рестриктазой 54
2.6. Метилчувствительная ПЦР 55
2.7. Электрофорез в полиакриламидном геле 56
2.8. Тонкое окрашивание нитратом серебра 57
2.9. Электрофорез в агарозном геле 57
2.10. Секвенирование ПЦР-продуктов 57
2.11. Обработка геномной ДНК бисульфитом натрия 57
2.12. Бисульфитное секвенирование 58
2.13. Мультилокусная ПЦР полиморфизмов в генах АВСВ1, TGFBR1, IL10 и VDR 59
2.14. Определение SNP методом минисеквенирования 59
2.15. Статистический анализ данных 60
2.16. Программное обеспечение 61
Глава 3. Результаты и обсуждение 62
3.1. Изучение инактивации гена VHL при спорадическом раке почки 62
3.2. Исследование аллельных делеций генов VHL, RASSF1, FHIT и ТР53 74
3.3. Изучение метилирования генов-супрессоров VHL, RASSF1, FHIT, SFRP1 и CDH1 в опухолях почки 80
3.4. Метилирование гена-кандидата НОХВ13 при спорадическом раке почки 90
3.5. Анализ полиморфных вариантов генов АВСВ1, TGFBR1, ILJOn VDR 94
Заключение : 103
Выводы 105
Практические рекомендации 106
Список литературы 107
