ВВЕДЕНИЕ………………………………………………………………………... 4
ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ……………………………………………… 15
1.1 Генетическое разнообразие и географическое распространение штаммов
Y. pestis……………………………………………………………………………… 15
1.2 Современные представления об экологии и персистенции Y. pestis в природных очагах чумы………………………………………………………………............. 20
1.3 Взаимодействие возбудителя чумы с членами почвенных биоценозов……….. 26
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ……………………………………………. 37
ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ……………………………………………. 37
2.1 Штаммы бактерий, использованные в работе, и условия их культивирования……………………………………………………………………………………... 37
2.2 Анализ биохимических свойств штаммов Y. pestis…………………………....... 39
2.3 Определение чувствительности к бактериофагам Л-413С и Покровской……... 39
2.4 Определение признака пигментсорбции……………………………………........ 40
2.5 Определение питательных потребностей штаммов Y. pestis………………........ 40
2.6 Определение зависимости роста от ионов кальция при температуре 37 оС……. 41
2.7 Определение плазмидного состава………………………………………………. 41
2.8 Получение компетентных клеток и трансформация штаммов Y. pestis............... 41
2.9 Определение вирулентности штаммов Y. pestis in vivo……………………......... 42
2.10 Выделение почвенных амеб…………………………………………………….. 43
2.11 Выделение почвенных нематод……………………………………………........ 44
2.12 Выделение ДНК бактерий, амеб и нематод…………………………………….. 44
2.13 Полимеразная цепная реакция………………………………………………….. 45
2.14 Секвенирование ДНК……………………………………………………………. 45
2.15 Определение систематической принадлежности амеб, нематод, бактерий….. 46
2.16 Филогенетический анализ амеб, почвенных и энтомопаразитических
нематод……………………………………………………………………………....... 46
2.17 Филогенетический анализ возбудителя чумы…………………………………. 52
2.18 Статистический анализ………………………………………………………….. 54
ГЛАВА 3 ХАРАКТЕРИСТИКА СВОЙСТВ ШТАММОВ Y. pestis
АНТИЧНОГО БИОВАРА ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЙ ЛИНИИ 4.ANT,
КОНСТРУИРОВАНИЕ ФЛУОРЕСЦЕНТНЫХ ШТАММОВ……………........ 56
3.1 Фенотипические и генетические особенности штаммов Y. pestis из Горно-Алтайского высокогорного очага в сравнении со штаммами античного биовара из
других природных очагов чумы……………………………………............................ 57
3.2 Получение рекомбинантных флуоресцентных штаммов Y. pestis филогенетической линии 4.ANT с использованием плазмид pTurboGFP-B и
pKatushka-2S…………………………………………………………………………. 853
ГЛАВА 4 АНАЛИЗ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ШТАММОВ Y. pestis
ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЙ ЛИНИИ 4.ANT С ПРОСТЕЙШИМИ ИЗ ПОЧВ
ГОРНО-АЛТАЙСКОГО ВЫСОКОГОРНОГО ОЧАГА……………………….. 91
4.1 Систематическая принадлежность простейших из почв нор грызунов ГорноАлтайского высокогорного очага……………………………………………………. 91
4.2 Моделирование долговременного сохранения в акантамебах Y. pestis с использованием флуоресцентного штамма 4.ANT с плазмидой pTurboGFP-B и анализ динамики взаимодействия штамма возбудителя чумы и акантамеб…………... 102
4.3 Влияние длительного сосуществования Y. pestis и акантамеб на сохранение
фенотипических, генетических и вирулентных свойств клеток Y. pestis………….. 111
ГЛАВА 5 АНАЛИЗ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ Y. pestis С НЕМАТОДАМИ.
ОПРЕДЕЛЕНИЕ СИСТЕМАТИЧЕСКОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ
НЕМАТОД ИЗ ГОРНОГО АЛТАЯ И ТУВЫ…………………………………….. 116
5.1 Анализ взаимодействия Y. pestis филогенетической линии 4.ANT с почвенными нематодами из природного биоценоза Горно-Алтайского высокогорного
очага чумы……………………………………………………….................................. 116
5.1.1 Определение систематической принадлежности почвенных нематод из нор
грызунов Горно-Алтайского высокогорного очага чумы…………………............... 117
5.1.2 Изучение особенностей биопленкообразования и влияния Y. pestis филогенетической линии 4.ANT на нематод……………………………………….............. 122
5.2 Систематическая принадлежность паразитических нематод из природного
биоценоза Тувинского горного очага чумы и анализ их микробиоты……………. 126
5.2.1 Определение систематической принадлежности энтомопаразитических
нематод блох из Тувинского горного очага чумы…………………………………... 127
5.2.2 Определение состава микробиоты энтомопаразитических нематод из
Горно-Алтайского высокогорного и Тувинского горного природных очагов
чумы…………………………………………………………………………………… 136
ЗАКЛЮЧЕНИЕ…………………………………………………………………........ 145
ВЫВОДЫ……………………………………………………………………...…....... 155
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ………………. 156
СПИСОК ЛИТЕРАТУРНЫХ ИСТОЧНИКОВ…………………………………. 157
ПРИЛОЖЕНИЕ А Номера доступа депонированных в базе данных NCBI GenBank участков генов простейших, нематод и бактерий…………………………….. 189
