Введение
Глава 1. Обзор подходов и методов 8
1.1 Молекулярная динамика и анализ траекторий молекулярной динамики 8
1.2 Программы для работы в области молекулярной динамики 16
Глава 2. Создание Анализатора траекторий 27
2.1 Назначение 27
2.2 Принцип работы 28
2.3 Краткое описание возможностей 30
2.3 Работа по увеличению быстродействия 37
2.4 Расширенные динамические контактные карты и ленты контактов 45
2.5 Коэффициент вариации молекулярной динамики. Распознавание процессов на исследуемой системе без предварительных сведений 58
2.6 Квазигармонический метод 64
2.7 Сценарии анализа траекторий молекулярной динамики. Платформа TAMD 72
Глава 3. Механические свойства кадгерина 75
3.1 Введение 75
3.2 Постановка расчетов 77
3.3 Проведение расчетов 81
3.4 Результаты 87
Глава 4. Исследование механической стабильности лево- и правозакрученных альфа-спиральных белков 89
4.1 Введение 89
4.2 Постановка расчетов 91
4.3 Проведение расчетов 97
4.4 Результаты 106
Заключение 107
Выводы 110
Список литературы
