Введение
1. Введение 4
1л Актуальность проблемы 4
1.2. Цель работы 5
1.3 Основные задачи исследования 6
2. Обзор литературных данных 9
2.1 Триплексные структуры 9
2.1.1 Об истории тройных спиралей 9
2.1.3 Рекомбинантный триплекс 10
2.2 Двойная спираль днк с параллельно ориентированными нитями (параллельная ДНК) 14
2.3 Флуоресцирующие аналоги оснований 19
3. Материалы и методы 21
3.1 Модельные олигонуклеотиды 21
3.2 Образование межмолекулярных и внутримолекулярных структур 22
3.3 Спектры поглощения и флуоресценции 22
3.4. Термическая денатурация 22
3.4.1. Модель двух состояний для меокмолекулярного дуплекса 23
3.4.2. Модель двух состояний для внутримолекулярного триплекса. 25
3.5. Молекулярное моделирование 27
Детекция образования внутримолекулярного триплекса днк по флуоресценции 2-аминопурина, включенного в третью нить 29
4.1. Флуоресцентные и термодинамические свойства аналогов оснований в структуре рекомбинантного триплекса 29
4.1.1. Моделирование структуры рекомбинантного триплекса с аналогами природных оснований 29
4.1.2 Изучение плавления модифицированного рекомбинантного триплекса по УФ поглощению 33
4.1.3. Флуоресцентные свойства 2-ар в структуре рекомбинантного триплекса 35
4.1.4. Плавление модифицированного рекомбинантного триплекса, наблюдаемое по флуоресценции 2-ар. 38
4.2. Образование равновесного триплекса без примеси альтернативных структур 41
5. Изучение особенностей структуры рекомбинатного триплекса с помощью нового флуоресцентного метода 45
5.1. Наблюдение обмена нитей в r-триплексе 45
5.2. Влияние количества водородных связей в триплетах на общую стабильность триплексной структуры 48
5.3. Образование r-триплекса теломерной последовательностью млекопитающих 53
6.2 Аминопурин как зонд конформаций трехтяжевого комплекса днк-днк-рнк при элонгации т7 рнк полимеразы in vitro 54
7. Исследование свойств флуоресцирующих оснований, включенных в параллельный дуплекс. 58
7.1. Моделирование структуры параллельного дуплекса с флуоресцирующими аналогами оснований 58
7.2. Образование модельными олигонуклеотидами параллельного дуплекса 60
7.3. Изучение стабильности модифицированных дуплексов по уф плавлению 62
7.4. Определение причин потери стабильности дуплексов с замещенным 2-пиримидиноном 64
7.5. Флуоресцентные свойства 2-ар в структуре параллельного дуплекса 67
7.6. Плавление параллельного дуплекса наблюдаемое по изменению флуоресценции 2-ар 69
7.5. Особенности структуры параллельного дуплекса 71
8. Основные выводы и результаты работы 73
9. Библиография
