Введение
2. Обзор литературы 11
2.1. Информационные системы в молекулярной биологии 11
2.1.1. Глобальные информационные ресурсы 11
2.1.3. Медиаторные системы 23
2.1.4. Автоматизация поддержки информационных ресурсов 32
2.2. Информационный анализ первичной структуры белка 35
2.2.1. Выравнивание первичной структуры белков .36
2.2.2. Статистическая оценка результатов выравнивания 43
2.2.3. Информационные характеристики белковых структур 52
2.3. Вычислительные методы классификации белков 56
2.3.1. Классификация белков с применением алгоритмов выравнивания 57
2.3.2. Методы определения сходства белков без выравнивания 62
2.3.3. Пакет программ PHYLIP 64
2.4. Биоинформационные исследования надсемейства Р450 65
2.4.1. Номенклатура надсемейства цитохромов Р450 68
2.4.2. Аннотирование новых генов цитохромов Р450 70
2.4.3. Основные структурные элементы цитохромов Р450 72
2.4.4. Структурно-функциональный подход к классификации цитохромов Р450 75
2.4.5. Цитохромы Р450 в компьютерном конструировании лекарств 78
2.4.6. Обзор информационных ресурсов по тематике цитохромов Р450 80
3. Исходные данные и методы их обработки 85
3.1. Исходные данные 85
3.2. Локальное выравнивание 89
3.3. Парное глобальное выравнивание 92
3.4. Множественное выравнивание 93
3.5. Метод выявления структурно-функциональных мотивов 96
3.6. Кластерный анализ и определение оптимального уровня отсечения 99
3.7. Другие методы 102
4. Результаты и обсуждение 111
4.1. Описание базы знаний по цитохромам Р450
4.1.1. Общие принципы построения информационной системы 111
4.1.2. Главное меню программы 116
4.1.3. Обращения к категориям данных 123
4.1.4. Специальные возможности поиска данных 129
4.1.5. Механизм формирования выборок 131
4.1.6. Функции подготовки отчетов и экспорта данных 132
4.2. Применение базы знаний . 135
4.2.1. Инвентаризация и индексация надсемейства цитохромов Р450 136
4.2.2. Определение кластеров в составе надсемейства 155
4.2.3. Общее и частное в структуре белков надсемейства цитохромов Р450 173
4.2.4. Подходы к конструированию новых форм цитохромов Р450 191
4.2.5. Анализ субстратной специфичности цитохромов Р450 205
4.3. Способы верификации результатов виртуального эксперимента 214
4.3.1. Определение оптимальных параметров выравнивания 215
4.3.2. Определение оптимальной структуры протеомного индекса 225
4.3.3. Оценка достоверности критериев выявления структурно-функциональных мотивов 228
4.4. Технологии внесения новых данных в базу знаний 234
4.4.1. Обновление информации по первичным структурам цитохромов Р450 234
4.4.2. Ввод данных о функциональных свойствах цитохромов Р450 238
5. Выводы 248
6. Список научных работ по теме диссертации 250
7. Список литературы.
