Введение
ЧАСТЬ I. СОВРЕМЕННЫЕ МЕТОДЫ ИНТЕРПРЕТАЦИЙ КРИВЫХ ДИФФУЗНОГО РЕНТГЕНОВСКОГО И НЕЙРОННОГО РАССЕЯНИЯ ШОПОЛЙМЕРОВ В РАСТВОРЕ 13
1.1. Методы решения "обратной задачи" диффузного, рентгеновского и нейтронного рассеяния ... 14
1.1.1. "Метод сферических гармоник" Щтурманна 15
1.1.2. Анализ разрешимости обратной задачи. . 16
1.1.3. Решение "обратной задачи" в работах Щтурманна 18
1.1.4. Метод Свергуна, Фейгина и Щедрина . . 23
1.2. Методы структурной интерпретации кривых
рассеяния, основанные на решении "прямой
задачи" большеуглового диффузного рассеяния . 27
1.2.1. Вывод основных соотношений для учета влияния растворителя 28
1.2.2. "Метод Лэнгриджа" и "метод шаров". . . 31
1.2.3. "Метод кубиков" 33
1.2.4. Метод Штурманна. 36
ЧАСТЬ П. КРУПНОМАСШТАБНЫЕ КОНФОРМАЦИОННЫЕ ПЕРЕСТРОЙКИ В ФЕРМЕНТАХ 38
.І. Гексокиназа из дрожжей 39
2. Конформационные перестройки в фосфоглицераткиназе 42
З. Алкогольдепщрогеназа из печени лошади . . . 48
4. Цитратсинтаза 50
ГЛАВА I. НОВЫЙ МЕТОД КУБИКОВ 53
1.1. Алгоритм метода 56
1.2. Расчет кривых рассеяния 60
1.3. Сравнение кривых рассеяния, рассчитанных "новым" и "модифицированным" методами
кубиков 61
1.4. Объем, молекулярная и доступная
поверхности биополимеров 67
1.5. Выводы .73
ГЛАВА II. ВЛИЯНИЕ СВЯЗАННЫХ МОЛЕКУЛ ВОДЫ И ПОВОРОТНОЙ ИЗОМЕРИЗАЦИИ БОКОВЫХ ГРУПП НА КРИВЫЕ РАССЕЯНИЯ ГЛОБУЛЯРНЫХ ЕЕЖОВ В РАСТВОРЕ 75
.І. Влияние фиксированных молекул воды на кривые рассеяния белков в растворе 76
2. Оценка влияния поворотной изомеризации боковых групп на кривые рассеяния белков . . 85
2.І. Расчет статистических весов различных конформаций молекулы белка, отличающихся поворотными изомерами боковых цепей 86
2.2. Анализ конформаций боковых поверхностных групп ряда глобулярных белков 90
2.3. Усреднение интенсивности рассеяния . . 94
2.4. Усредненные кривые рассеяния глобулярных белков. Обсуждение результатов. . 96
З.Выводы 106
ГЛАВА III. ОПРЕІДЕЛЕНИЕ ВЗАИМНОГО ПОЛОЖЕНИЯ ДОМЕНОВ БЕЖОВ В РАСТВОРЕ ПО ДАННЫМ РЕНТГЕНОВСКОГО РАССЕЯНИЯ . . 108
І. Метод определения взаимного положения доменов 109
2. Определение взаимного положения доменов в апо и холо-формах фосфоглицераткиназы в растворе . . ИЗ Ш.2.І. Взаимное положение доменов в апо-форме фосфоглицераткиназы в растворе 117
2.2. Взаимное положение доменов в холо-форме фосфоглицераткиназы в растворе . . 120
З. Чувствительность кривых рассеяния белков к смещениям доменов типа "охлопывания" и
"скольжения" 124
4. Взаимное положение доменов в апо- и холо-формах
алкогольдегидрогеназы из печени лошади .... 127 Ш.4.І. Расчет кривых рассеяния субъединичных
белков 132
4.2. Экспериментальные кривые апо~ и холо-
форм алкогольдегидрогеназы лошади . . . 134 Ш.4.3. Возможность конформационных перестроек типа "охлопывания" доменов при переходе алкогольдегидрогеназы из кристалла в
раствор 141
5. Заключение 145
6. Выводы 147
ГЛАВА ІV. СТРОГИЙ РАСЧЕТ КРИВЫХ Б0ЛЫ11ЕУГЛ0В0Г0 ДИФФУЗНОГО
РАССЕЯНИЯ А- и В-ФОРМ ДНК В РАСТВОРЕ 149
І. Метод расчета кривых рассеяния сильно вытянутых частиц 151
.2. Расчет кривых рассеяния и геометрических характеристик ДНК "новым методом кубиков" З. Зависимость кривых рассеяния от длины ДНК и от связанных с ДНК молекул воды 161
ІУ.4. Сравнение экспериментальных и теоретических
кривых рассеяния ДНК 165
5. Выводы 170
ГЛАВА V. ПЕРСПЕКТИВЫ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ НЕЙТРОННОГО РАССЕЯШШ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ СТРУКТУР БИОПОЛИМЕРОВ В РАСТВОРЕ 172
1. Учет дейтерообмена при расчете кривых нейтронного рассеяния биополимерами в
растворе 175
2. Сравнение кривых большеуглового нейтронного и рентгеновского рассеяния глобулярных
белков в растворе 180
З. Сравнение кривых большеуглового нейтронного
и рентгеновского рассеяния ДНК в растворе . . 194
4. Выводы 197
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 202
ЛИТЕРАТУРА 207
