Введение
1. Обзор литературы 10
1.1 Агробактериальная трансформация 10
1.1.1 Перенос ДНК через мембраны растительной клетки 16
1.2 Роль белка VirE2 в процессе агробактериального переноса Т-ДНК 16
1.3 Перенос Т-ДНК в животную клетку 20
1.4 Перенос ДНК через нанопоры 21
1.5 Эндоцитоз 22
1.6 Трехмерная структура VirE2 белка по данным рентгеноструктурного анализа 25
1.7 Метод молекулярной динамики 31
1.7.1 Молекулярная динамика мембранных белков 33
1.8 Метод нормальных мод 39
1.8.1 Применение метода нормальных мод для анализа каналов и пор 42
1.9 Заключение 44
2 Материалы и методы 46
2.1 Выделение и очистка белка VirE2 46
2.2 Выращивание культур животных клеток 46
2.3 Измерение флуоресценции у животных клеток 46
2.4 Статистика 48
2.5 Электронная просвечивающая микроскопия комплекса оцДНК-VirE2 48
2.6 Программные средства для молекулярного моделирования 48
2.7 Молекулярная динамика белка VirE2 50
3. Результаты и обсуждение 51
3.1 Построение комплекса из двух белков VirE2 в программе GRAMM-X 49
3.2 Построение комплекса из четырех белков VirE2 в программе GRAMM-X з
3.3 Построение комплекса из шести белков VirE2 в программе GRAMM-X 56
3.4 Компьютерное моделирование комплексов из белка VirE2 и оцДНК 58
3.5 Построение модели белков VirE2-VirE1 в мембране в программе CHARMM-GUI 59
3.6 Проверка белка VirE2 на корректность для работы методом МД 61
3.7 Возможные пробелы в структуре белков VirE2-VirE1 62
3.7.1 Контакты атомов в структуре белков VirE2-VirE1 64
3.8 Молекулярная динамика белка VirE2 65
3.8.1 Анализ результатов молекулярной динамики 66
3.9 Исследование конформационных изменений комплексов из белка VirE2 VirE1 методом нормальных мод 69
3.9.1 Исследование комплекса белков VirE2-VirE1 методом нормальных мод 70
3.9.2 Исследование комплекса из двух белков VirE2 методом нормальных мод 74
3.9.3 Исследование комплекса из четырех белков VirE2 методом нормальных мод 77
3.10 Результаты моделирования 79
3.11 Анализ переноса оцДНК с участием белка VirE2 через
мембраны in vitro 80
3.11.1 Эксперименты по переносу оцДНК с участием белка VirE2 и его
комплексов через мембраны животных клеток 81
3.12 Электронная просвечивающая микроскопия комплекса
оцДНК-VirE2 86
Выводы 88
Благодарности 89
Список литературы
