Введение
Глава 1 Обзор литературы 11
1.1 Распространение холеры 11
1.2 Краткая характеристика рода Vibrio 16
1.3 Общая характеристика генома возбудителя Vibrio cholerae 19
1.3.1 Структура генома Vibrio cholerae 19
1.3.2 Генетическое разнообразие холерных вибрионов 21
1.3.3 Мобильные генетические элементы как источник генетического разнообразия холерных вибрионов 26
1.4 Интегративные конъюгативные элементы (ICE) 30
1.4.1 Характеристика и номенклатура ICE 30
1.4.2 Распространенность ICE 32
1.4.3 Структура элементов семейства SXT/R391 и пути ее эволюции 33
Собственные исследования
Глава 2 Материалы и методы 37
2.1 Штаммы микроорганизмов, питательные среды, условия культивирования 37
2.2 Выделение нуклеиновых кислот 45
2.3 Постановка ПЦР 46
2.4 Анализ продуктов амплификации 47
Глава 3 Детекция интегративных конъюгативных элементов семейства SXT/R391 в штаммах V. cholerae различных серогрупп, выделенных на территории РФ 48
3.1 Скрининг последовательностей ICE семейства SXT/R391 в штаммах V. cholerae различных серогрупп 48
3.2 Ретроспективный анализ выявления полирезистентных штаммов V. cholerae различных серогрупп на территории СССР и РФ за период с 1972 по 2012 годы 53
Глава 4 Молекулярное типирование интегративных конъюгативных элементов семейства SXT/R391 55
4.1 Определение наборов детерминант резистентности в составе ICE штаммов V. cholerae различных серогрупп, выделенных на территории РФ 56
4.2 Определение наборов детерминант резистентности в составе ICE штаммов Vibrio spp., выделенных на территории Волгоградской области 66
Заключение 70
Выводы 78
Список сокращений и условных обозначений 80
Список литературы 82
