Введение
Глава 1. Обзор литературы 16
1.1. Понятие «доминантность» в структуре микробных сообществ и биокоммуникативная активность бифидофлоры 16
1.2. Аспекты интеграции бифидобактерий с организмом хозяина 29
1.3. Бифидобактерии - основа для разработки новых лечебных препаратов и перспективы создания синбиотиков 42
Глава 2. Материалы и методы исследования 48
2.1. Характеристика микроорганизмов, используемых в работе 48
2.2. Методика определения состояния микробиоценоза кишечника 49
2.3. Методы выделения и идентификации микроорганизмов 50
2.3.1. Метод выделения микроорганизмов из микросимбиоценоза толстого кишечника человека 50
2.3.2. Биохимическая идентификация бактерий 51
2.3.3. Масспекрометрическая идентификация бифидофлоры 52
2.3.4. Генотипическая идентификация бифидобактерий 52
2.4. Молекулярно-генетические методы исследования культур 54
2.4.1. Полногеномное секвенирование и сравнительный анализ геномов микроорганизмов 54
2.4.2. ПЦР-анализ на наличие генов колибактинов (clbA, clbB, clbQ, 56 clbN) у штаммов E. coli M-17 и E. coli ЛЭГM-18 56
2.5. Хроматографический метод исследования спектра и уровня короткоцепочечных жирных кислот в метаболитах бифидобактерий 57
2.6. Фенотипические методы изучения биологических свойств бактерий 58
2.6.1. Антилизоцимная активность микроорганизмов 58
2.6.2. Антилактоферриновая активность бактерий 59
2.6.3. Антииммуноглобулиновая активность бифидобактерий 60
2.6.4. Антипептидная активность микроорганизмов 61
2.6.5. Иммунорегуляторная активность бактерий 62
2.6.6. Биопленкообразование микроорганизмов 64
2.6.7. Антагонистическая активность бактерий 64
2.6.8. Гемолитическая активность микроорганизмов 65
2.7. Метод определения «свой-чужой» в паре «доминант-ассоциант» в микросимбиоценозе толстого кишечника человека 66
2.8. Изучение уровня локальных антимикробных факторов и цитокинов в копрофильтратах человека 67
2.8.1. Метод получения копрофильтратов человека 67
2.8.2. Определение лизоцима, лактоферрина, про- и противовоспалительных цитокинов в копрофильтратах 67
2.9. Статистические методы обработки полученных результатов 68
Глава 3. Стуктурно-функциональная характерстика бифидофлоры толстого кишечника человека 69
3.1. Таксономическая характеристика бифидофлоры при эубиозе и дисбиозе толстого кишечника человека 69
3.2. Характеристика генома, масс-спектров белков и состава короткоцепочечных жирных кислот бифидобактерий кишечного микросимбиоценоза 77
3.3. Персистентный потенциал бифидобактерий в ассоциативном симбиозе человека 100
3.4. Обсуждение результатов 111
Глава 4. Аспекты взаимодействия бифидобактерий с системой иммунитета хозяина 115
4.1. Влияния метаболитов бифидофлоры на баланс про- и противовоспалительных цитокинов на модели клеток врожденного и адаптивного иммунитета 115
4.2. Оценка способности метаболитов бифидобактерий изменять уровень про- и противовоспалительных цитокинов после контакта in vitro с рекомбинантными цитокинами 126
4.3. Иммунорегуляторные свойства метаболитов бифидобактерий при эубиозе и дисбиозе толстого кишечника человека 130
4.4. Обсуждение результатов 136
Глава 5. Роль бифидобактерий в регуляции кишечного микросимбиоценоза человека 139
5.1. Роль бифидобактерий в межмикробном распознавании «свой-чужой» в паре «доминант-ассоциант» 140
5.2. Разработка способа определения биосовместимости кишечных микросимбионтов на основе феномена распознавания «свой-чужой» 155
5.3. Обсуждение результатов 170
Глава 6. Фундаментальные и прикладные аспекты исследования бифидобактерий 173
6.1. Функциональные группы бифидофлоры кишечной микробиоты в ассоциативном симбиозе человека 174
6.2. Бифидобактерии – регулятор иммунного гомеостаза хозяина в условиях ассоциативного симбиоза 184
6.3. Определение уровня биосовместимости пробиотических штаммов в симбиотической композиции и оценка биологической активности новых композиций in vitro 204
6.4. Обсуждение результатов 227
Заключение 229
Выводы 251
Список сокращений 254
Список литературы 267
