Введение
1. Особенности взаимодействия фактора транскрипции NF-кВ С участками узнавания в ДНК 10
1.1. Функционирование и роль NF-кВ В клетке 10
1.2. Определение ДНК-белковых контактов в комплексах фактора транскрипции NF-кВ с ДНК методом рентгеноструктурного анализа 19
1.3. Определение ДНК-белковых контактов в комплексах фактора транскрипции NF-кВ с ДНК в растворе 37
1.3.1. Использование метода химической модификации для зондирования контактов фактора транскрипции NF-кВ с ДНК. 37
1.3.1.1. Химическая модификация ДНК 37
1.3.1.2. Химическая модификация аминокислотных остатков фактора транскрипции NF-кВ 38
1.3.2 Использование мутантных форм белка для определения аминокислотных остатков фактора транскрипции NF-KB, принимающих участие в связывании ДНК и димеризации 40
1.3.3. Использование метода аффинной модификации белка реакционноспособными аналогами ДНК для зондирования контактов фактора транскрипции NF-кВ с кВ-участком 47
2. ДНК-дуплексы, содержащие реакционноспособные группировки в углеводофосфатном остове, как реагенты для аффинной модификации остатков цистеина и лизина белков 53
2.1. Анализ белково-нукленновых контактов в комплексах фактора транскрипции NF-кВ с ДНК 57
2.2, Аффинная модификация остатков цистенна белков ДНК-дуплексами, содержащими реакционноспособные группировки в углеводофосфатном остове 67
2.2.1. Использование ДНКдуплексов, содержащих единичные 2-дезокси-2- йодацетамидоуридиновые звенья, для аффинной модификации белков 68
2.2.1.1. Синтез и свойства олигонуклеотидов с единичной 2-йодацетамидной группировкой 70
2.2.1.2. Комплексообразование и ковалентное связывание 2-йодацетамидсодержащих ДНК-лигандов с гомодимером р50 субъединицыNF-KB 72
2.2.2. Использование ДНК-дуплексов с единичными 2 -дисульфидсодержащими уридиновыми звеньями для аффинной модификации белков. 79
2.2.2.1. Синтез и свойства олигонуклеотидов с единичными 2-дисульфидсодержащими уридиновыми звеньями 79
2.2.2.2. Ковалентное связывание ДНК-дуплексов с единичными 2-дисульфидсодержащими уридиновыми звеньями с гомодимером р50 субъединицы NF-KB 81
2.2.3. Использование ДНК-дуплексов, содержащих мелснуклеотидные фосфорилдисульфидпые группировки, для аффинной модификации белков 90
2.2.3.1. Синтез и свойства фосфорилдисульфидсодержащих олигонуклеотидов 90
2.2.3.2. Комплексообразование и ковалентное связывание фосфорилдисульфидсодержащих ДНК-дуплексов с гомодимером р50 субъединицы NF-KB 98
2.2.3.3. Ковалентное связывание фосфорилдисульфидсодержащих ДНК-дуплексов с ДНК-метилтрансферазой SsoII 102
2.3. Аффинная модификация остатков лизина белков ДНК-дуплексами, содержащими реакционноспособные группировки вуглеводофосфатном остове 106
2.3.1. Использование ДНК-дуплексов, содержащих единичные 2-0~(2-оксоэтил)уридиновые (цитидиновые) звенья, для аффинной модификации белков 109
2.3.1.1. Комплексообразование и ковалентное связывание 2-альдегид-содержащих ДНК-лигандов с гомодимером р50 субъединицы NF-KB 109
2.3.1.2. Ковалентное связывание 2-альдегидсодержащих ДНК-лигандов с ДНК-метилтрансферазой SsoII. Исследование возможности одновременного участия С-коицевой (метилирующей) и N-концевой («регуляторной») областей M.SsoII во взаимодействии с ДНК 119
3. Экспериментальная часть 125
Выводы 139
