Введение
Глава 1. Обзор литературы 9
1.1. Таксономия фомоидных грибов 9
1.2. Морфологическая концепция 9
1.3. Новая морфологическая концепция 11
1.4. Молекулярная филогения 12
1.5. Методы исследования фомоидных грибов 17
1.6. Фомоидные грибы – патогены подсолнечника 19
Глава 2. Материалы и методы 27
2.1. Материал 27
2.2. Выделение грибов в чистую культуру 30
2.3. Изучение морфологических признаков 34
2.4. Молекулярно-генетические методы 34
2.4.1. Экстракция ДНК 34
2.4.2. Амплификация ДНК 34
2.4.3. Визуализация продуктов амплификации 35
2.4.4. Секвенирование ДНК 35
2.4.5. Анализ нуклеотидных последовательностей 35
2.5. Искусственная инокуляция растений 36
2.5.1. Изучение субстратной специализации изолятов фомоидных грибов 36
2.5.2. Изучение органотропной специализации Plenodomus lindquistii 37
Глава 3. Разработка и оптимизация молекулярно-генетических методик идентификации фомоидных грибов 38
3.1. Оптимизация методики выделения ДНК из гербарных образцов фомоидных грибов 38
3.2. Оптимизация протокола амплификации для качественной оценки результатов экстракции ДНК и последующего секвенирования 44
3.3. Конструирование и тестирование специфичных праймеров 47
3.4. Идентификация изолятов Plenodomus lindquistii по молекулярно-генетическим признакам 48
Глава 4. Идентификация изолятов фомоидных грибов, выделенных из подсолнечника 52
4.1. Идентификация по морфологическим признакам 52
4.2. Идентификация по молекулярно-генетическим признакам 56
4.2.1. Идентификация изолятов Plenodomus lindquistii 56
4.2.2. Идентификация изолятов Diaporthe 57
4.2.3. Идентификация изолятов Phoma sp. 60
Глава 5. Идентификация фомоидных грибов, ассоциированных с дикорастущими растениями семейства Asteraceae 62
5.1. Идентификация фомоидных грибов из Микологического гербария ФГБНУ ВИЗР (LEP) 62
5.1.1. Идентификация по морфологическим признакам 62
5.1.2. Идентификация по молекулярно-генетическим признакам 63
5.2. Идентификация коллекции изолятов фомоидных грибов, выделенных из поражённых растений семейства Asteraceae 66
5.2.1. Идентификация по морфологическим признакам 66
5.2.2. Идентификация по молекулярно-генетическим признакам 68
Глава 6. Специализация фомоидных грибов, выделенных из подсолнечника и близкородственных сложноцветных 81
6.1. Изучение органотропной специализации Plenodomus lindquistii 81
6.2. Оценка специализации к растению-хозяину изолятов фомоидных грибов, выделенных из подсолнечника и близкородственных дикорастущих сложноцветных растений . 83
Заключение 95
Список использованной литературы 97
Приложения 112
