Введение
2. Обзор литературы 12
2.1. Характеристика вируса клещевого энцефалита 12
2.2. Строение и свойства ВКЭ 18
2.3. Репликативный цикл флавивирусов 24
2.4. Генетическое разнообразие ВКЭ и географическое распределение генотипов 28
2.5. Клиническая характеристика КЭ 32
2.6. Клинические особенности заболевания в зависимости от генотипа ВКЭ 3 8
2.7. Молекулярные основы патогенности ВКЭ 41
2.8. Методы филогенетического и эволюционного анализа 48
2.9. Патогенные бактерии и простейшие, переносимые клещами 55
2.9.1. Клещевой боррелиоз 56
2.9.2. Клещевой эрлихиоз 58
2.9.3. Клещевой риккетсиоз 5 9
2.9.4. Клещевой бабезиоз 60
2.9.5. Клещевые бартонеллезы 61
2.10. Заключение 62
3. Материалы и методы 64
3.1. Химические реактивы, ферменты и наборы 64
3.2. Исследованные образцы 65
3.3. Пробоподготовка и выделение РНК, ДНК 67
3.4. Обратная транскрипция 67
3.5. Полимеразная цепная реакция 67
3.6. Электрофоретический анализ и выделение ампликонов из геля 71
3.7. Определение нуклеотидных последовательностей 71
3.8. Анализ последовательностей 71
3.9. Построение и анализ вторичных структур ДНК и белков, выявление потенциальных сайтов модификации белков 72
4. Результаты и обсуждение 74
4.1. Расчет олигонуклеотидных праймеров 74
4.2. Сравнение филогенетической значимости 5-НТО и гена белка Е ВКЭ 77
4.3. Исследование клещей, собранных в городских и пригородных биотопах г. Томска 80
4.3.1. Встречаемость и генетическое разнообразие ВКЭ 80
4.3.2. Встречаемость и генетическое разнообразие Borrelia spp. 85
4.3.3. Встречаемость и генетическое разнообразие Rickettsia spp. 87
4.3.4. Встречаемость и генетическое разнообразие Ehrlichia spp. 90
4.3.5. Микст-инфекции 91
4.4. Вариабельность 5-НТО вариантов ВКЭ, обнаруженных в г. Томске и его пригородах 92
4.5. Описание биологических свойств и анализ генома штамма Глубинное/2004 98
Заключение 116
Выводы 120
Список использованной литературы. 122
