Введение
ГЛАВА 1. Фенотипическая классификация дрожжей kluyveromyces 8
ГЛАВА 2. Молекулярная классификация дрожжей kluyveromyces 17
2.1. Молекулярные методы, используемые в систематике дрожжей 17
2.1.1. Определение мол. % ГЦ и ДНК-ДНК-реассоциация 17
2.1.2. Установление филогенетического родства дрожжей с помощью анализа последовательностей рДНК , 18
2.1.3. Использование ПЦР-анализа для классификации дрожжей 23
2.1.4. Полиморфизм митохондриальной ДНК и пульс-электрофорез нативных хромосомных ДНК 25
2.2. Генетико-таксономическое изучение дрожжей Kluyveromyces с помощью молекулярных методов и современная классификация рода 28
Экспериментальная часть и обсуждение 36
ГЛАВА 3. Материалы и методы исследования 36
3.1. Объекты исследования и методы культивирования штаммов 36
3.2. ГЩР-анализ 42
3.3. Секвенирование 45
3.4. Пульс-электрофорез хромосомных ДНК 46
3.5. Филогенетический анализ 47
ГЛАВА 4. Разработка молекулярных методов для дифференциации видов рода kluyveromyces
4.1. Физиологические особенности дрожжей рода Kluyveromyces 49
4.2. Выбор участков рДНК для секвенирования и ПДРФ-анализа 51
4.2.1. Сравнение нуклеотидных последовательностей района D1/D2 26S рДНК типовых культур рода Kluyveromyces 51
4.2.2. Сравнение нуклеотидных последовательностей и ПДРФ-анализ 5.8S-ITS-pafioHa рДНК типовых культур рода Kluyveromyces 54
4.2.3. ПДРФ-анализ амплифицированных Ю82-фрагментов рДНК 58
4.3.Анализ гена АСТ1 61
4.4. Молекулярное кариотипирование 63
4.4. Обсуждение 66
ГЛАВА 5. Внутривидовой полиморфизм дрожжей К. Lactis 68
5.1. Сравнительный анализ геномов молочных дрожжей К. lactis van lactis и их ближайших диких родственников - европейской популяции "krassilnikovii" 68
5.1.1. ПДРФ-анализ амплифицированных Ю82-фрагментов рДНК 69
5.1.2. Молекулярное кариотипирование 71
5.1.3. ПЦР-анализ с микросателлитными праймерами (GTG)5 и (ATG)5 71
5.2. Молекулярная дифференциация природных штаммов К. lactis 77
5.2.1. ПДРФ-анализ 5.8S-ITS-pafioHa рДНК 77
5.2.2. ПДРФ-анализ Ю82-района рДНК 79
5.2.3. Молекулярное кариотипирование 81
5.2.4. Секвенирование 5.88-1Т8-фрагментов рДНК 83
5.3. Обсуждение 87
ГЛАВА 6. Внутривидовой полиморфизм дрожжей К. MarxianuS 90
6.1. Определение видовой принадлежности изученных штаммов 90
6.2. Анализ нуклеотидных последовательностей внутренних транскрибируемых спейсеров ITS 1 и ITS2 рДНК 93
6.3. Анализ нуклеотидных последовательностей межгенных спейсеров IGS1 иКЖрДНК 96
6.4. Анализ нуклеотидных последовательностей ядерного гена АСТ1 99
6.5. ПЦР-анализ с неспецифичными праймерами 101
6.6. Молекулярное кариотипирование 108
6.7. Обсуждение ПО
ГЛАВА 7. Генетические особенности дрожжей к. dobzhanskii и к. wickerhamii 111
7.1. Молекулярный анализ штаммов К. wickerhamii 111
7.2. Изучение географических популяций дрожжей К. dobzhanskii 113
7.2.1 ПДРФ-анализ ГС82-фрагментов рДНК 114
7.2.2. Молекулярное кариотипирование 115
7.2.3. Анализ нуклеотидных последовательностей 5.88-1Т8-фрагмента рДНК 119
7.2.4. Анализ нуклеотидных последовательностей митохондриального гена СОХ2 119
7.2.5. ПЦР-анализ с микросаттелитным праймером (GTG)5 123
7.3. Обсуждение 126
Заключение 128
Выводы 132
Список литературы
