Введение
Глава 1. Основные сведения о первичной структуре и филогенетических связях альфавирусов
1.1. Общие черты строения геномов альфавирусов
1.2. Гены белков полимеразного комплекса
1.3. Синтез белков нуклеокапсида^оболочки, кодируемых субгеномной 26S РНК
1.4. Сборка нуклеокапсидов и вирионов альфавирусов. Формирование химерных вирионов
1.5. Функциональная характеристика гликопротеидов оболочки
Глава 2. Рекомбинация у вирусов с непрерывным РНК-геномом .36"
2.2.1. Строение геномов вирусов-рекомбинантов
2.2.2. Экспериментальные доказательства процесса рекомбинации на модели ВС
Глава 3. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) для обнаружения и индикации РНК-содержащих вирусов ..HS
3.1. Основные характеристики метода ПЦР
3.2. Цели и варианты ПЦР- анализа
3.3. Подходы к разработке метода ОТ-ПЦР анализа для индикации альфавирусов
Часть 2 Собственные исследования ."
Глава 4. Материалы и методы
4.1. Альфавирусы: культивирование и определение инфекционности
4.2. Смешанное инфицирование клеточных культур двумя видами альфавирусов
4.3. Реакция нейтрализации (РН) инфекционной активности альфавирусов
4.4. Приготовление материала для ПЦР-анализа из природных изолятов альфавирусов серокомплекса Синдбис-ЗЭЛ
4.5. Методы выделения РНК альфавирусов
4.6. Постановка ОТ-ПЦР
4.7. Рестрикция ДНК- продуктов ОТ-ПЦР
4.8. Электрофоретический анализ ДНК в агарозном геле
4.9. Блот- гибридизация ПЦР- продуктов с олигонуклеотидными зондами. Исследование генетической структуры РНК вирусов-рекомбинантов
4.9.1. Метка зондов в реакции кинирования
4.9.2. Перенос ПЦР-продуктов на мембраны
4.9.3. Процедура гибридизации с Р-32 зондами
4.10. Расчет олигонуклеотидных ПЦР-праймеров и гибридизационных зондов
Глава 5. Результаты исследований $
5.1. Генотипирование вирусов серокомплекса Синдбис-ЗЭЛ
методом ОТ-ПЦР и рестрикционного анализа
5.1.1. Структура олигонуклеотидных праймеров вирусов Синдбис (ВС)
5.1.2. Амплификация и рестрикция участков генов эталонных штаммов вирусов Синдбис
5.1.3. Структура олигонуклеотидных праймеров вирусов
ЗЭЛ
5.1.4. Амплификация и рестрикция участков генов nsP2 и Е2 эталонных штаммов вируса ЗЭЛ Мак Миллан
5.2. Генетические связи и биологические свойства географических вариантов альфавирусов серокомплекса Синдбис-ЗЭЛ
5.2.1. Анализ географических вариантов вирусов Синдбис
5.2.2. Сходство и различие американских вирусов ЗЭЛ и ЗЭЛ-подобного вируса У-62-33 из России (Удмуртия)
5.2.3. Дифференциация антигеннородственных вирусов Синдбис и ЗЭЛ методом ОТ-ПЦР
5.3. Рекомбинация у альфавирусов
5.3.1. Сравнение участка рекомбинации С-Е2 у географических вариантов вируса ЗЭЛ
5.3.2. Моделирование процесса рекомбинации при смешанной инфекции вирусами ВЭЛ и ВКЛ в культуре клеток
5.3.3. ОТ-ПЦР анализ гибридных форм РНК в составе вирионов
5.3.4. Сравнительный рестрикционный анализ участков геномов рекомбинантных вирусов и вирусов-родителей
5.3.5. Результаты сравнительного изучения инфекционной активности и антигенного состава вирусной популяции, образующейся при смешанной инфекции, и исходных
родительских вирусов 5.3.6.Гибридизационный анализ генетической структуры
области рекомбинации
Глава 6 Обсуждение f.f
