ГЛАВА 1. Обзор литературы……………………………………………………. 15
1.1 Микробный фактор как регулятор кишечного гомеостаза хозяина……… 15
1.2 Метаболиты бактерий – мессенджеры между микробиотой и
иммунной системой организма человека…………………………………….. 21
1.3 Современные аспекты создания биопрепаратов нового
поколения с противовоспалительным эффектом………………………………. 31
ГЛАВА 2. Материалы и методы исследования………………………………... 36
2.1 Культуры микроорганизмов, используемые в работе …………………….. 36
2.2 Методика оценки состояния микробиоценоза толстого кишечника
человека ………………………………………………………………………….. 37
2.3 Методы выделения и идентификации микроорганизмов………………..... 38
2.3.1 Методы выделения штаммов бактерий и грибов из кишечного
микробиоценоза человека…………………………………………………..…… 38
2.3.2 Метод идентификации микроорганизмов по биохимическим
признакам…………………………………………………………………………. 39
2.3.3 Метод идентификации микроорганизмов с помощью времяпролетной
масс-спектрометрии………………….…………………………………………... 39
2.4 Полногеномное секвенирование штаммов L. ruminis ICIS-540 и
B. paranthracis ICIS-279, сравнительный анализ их геномов с помощью
систем RAST и AntiSMASH…………................................................................... 40
2.5 Сравнительный анализ уровня антимикробных белков и цитокинов
в копрофильтратах обследуемых лиц…………………………........................... 41
2.5.1 Метод подготовки копрофильтратов обследуемых лиц……………….... 41
2.5.2 Определение уровня локальных антимикробных факторов
(лактоферрина, лизоцима) и цитокинов (IFNγ, TNFα, IL-8, IL-6, IL-10, IL1Ra) в копрофильтратах……………………………………………….………… 41
2.6 Определение иммунорегуляторной активности микроорганизмов…..….. 42
3
2.6.1 Получение супернатантов бактерий и грибов, содержащих
продукты их метаболизма…………………………………………….…………. 42
2.6.2 Выделение перитонеальных макрофагов мышей ………………….……. 43
2.6.3 Выделение периферических мононуклеаров (лимфоцитов) из крови
здоровых лиц ………………………………………………………...................... 44
2.6.4 Определение спонтанной продукции цитокинов иммуноцитами
в присутствии супернатантов микроорганизмов………………………. ……. 45
2.6.5 Изучение способности бесклеточных супернатантов микроорганизмов
влиять на уровень цитокинов в среде сокультивирования……………………. 45
2.7 Изучение антагонистической активности штаммов L. ruminis ICIS-540 и
B. paranthracis ICIS-279………………………………………………………….. 46
2.8 Определение антибиотикорезистентности культур L. ruminis ICIS-540 и
B. paranthracis ICIS-279………………………………………………………… . 46
2.9 Статистические методы обработки полученных результатов…………...... 47
РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ
ГЛАВА 3. Сравнительный анализ структуры кишечного
микросимбиоценоза и факторов антимикробной защиты человека при
эубиозе и дисбиозе……………………………………………………………… 48
3.1 Структурная характеристика микробиоты при эубиозе и дисбиозе
толстого кишечника человека ………………….............................................. 48
3.2 Уровень антимикробных белков и цитокинов в копрофильтратах
обследуемых лиц на дисбиоз толстого кишечника………………………….. 55
3.3 Исследование корреляционных связей показателей антимикробной
защиты и микробиоты толстого кишечника человека………………….…… 59
ГЛАВА 4. Характеристика влияния кишечных микросимбионтов на
продукцию цитокинов перетонеальными макрофагами и мононуклеарами
переферической крови………………………………………………………….... 62
4.1 Продукция цитокинов перитонеальными макрофагами мышей-гибридов
(CBAxC57Bl6)F1 под влиянием супернатантов микросимбионтов толстого
4
кишечника человека……………………………… …………………………….. 62
4.2 Продукция цитокинов мононуклеарами периферической крови
под влиянием супернатантов микросимбионтов толстого кишечника
человека…………………………………………………………………………... 67
4.3 Анализ иммунорегуляторных свойств микросимбионтов с
использованием методов многомерного статистического анализа
(дискрименантный анализ, метод картирования и дерева решений)…..……. 74
ГЛАВА 5. Сравнительный анализ влияния супернатантов
производственных и кишечных штаммов на продукцию цитокинов
мононуклеарами периферической крови человека………………………….. 89
5.1 Типы влияния супернатантов производственных (бифидобактерий и
лактобактерий) и кишечных штаммов на цитокиновый профиль
мононуклеаров переферической крови ............................................................... 89
5.2 Характеристика перспективных культур для создания биопрепаратов
с иммунорегуляторной активностью (L. ruminis ICIS-540 и B. paranthracis
ICIS-279)………………………………………………………………………….. 93
ЗАКЛЮЧЕНИЕ…………………………………………………………………... 107
ВЫВОДЫ…………………………………………………………………………. 115
РЕКОМЕНДАЦИИ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ РЕЗУЛЬТАТОВ
ДИССЕРТАЦИИ В ПРАКТИКЕ ……………………………………………….. 116
ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ…………………… 117
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ……………….. 117
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ……………………………………………………….. 119
СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ
ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ…………………………………………………….. 141
