Введение
Глава 1. Обзор литературы 16
1.1 Роль V.cholerae nonO1/nonO139 в этиологии ОКИ 17
1.2 Источники и пути передачи инфекции 20
1.3 Серогруппы V.cholerae nonO1/nonO139 21
1.4 Факторы патогенности 23
1.5 Антибиотикорезистентность V.cholerae nonO1/nonO139 26
1.6 Гетерогенность популяций и генетический обмен 28
1.7 Происхождение НАГ-вибрионов 32
Глава 2. Материалы и методы 35
2.1 Штаммы холерных вибрионов неО1/неО139 серогрупп 35
2.2 Питательные среды и условия культивирования 43
2.3 Методы выделения и идентификации НАГ-вибрионов 43
2.4 Метод серотипирования 44
2.5 Метод определения чувствительности к антибиотикам 44
2.6 Метод определения нейраминидазной активности 45
2.7 Метод определения агглютинации эритроцитов 45
2.8 Метод определения чувствительности/устойчивости к Dicty-ostelium discoideum 45
2.9 Определение антибактериальной активности 46
2.10 Молекулярно-биологические методы 46
2.10.1 Детекция генов с помощью ПЦР 46
2.10.2 Секвенирование ДНК 49
2.10.3 Биоинформационый анализ 49
Глава 3 Распространение, этиологическая значимость и фенотипическая характеристика холерных вибрионов неО1/неО139 серогрупп 54
3.1 Анализ заболеваемости ОКИ, вызванными холерными вибрионами неО1/неО139 серогрупп в Ростовской области и республике Калмыкия 54
3.2 Результаты мониторинговых исследований проб воды и гид-робионтов Таганрогского залива на наличие холерных вибрионов 57
3.3 Сравнительный анализ фенотипических свойств представителей разных популяций V.cholerae nonO1/nonО139 58
3.4 Определение чувствительности штаммов V.cholerae nonO1/nonO139 к антибиотикам 62
Глава 4 ПЦР-генотипирование холерных вибрионов неO1/неO139 серогрупп 67
4.1 ПЦР-детекция генетических детерминант факторов патоген-ности и персистенции 67
4.2 Кластерный анализ распределения генов у штаммов холерных вибрионов неО1/неО139 серогрупп 83
Глава 5 Изучение структуры геномов холерных вибрионов неO1/неO139 серогрупп 87
5.1 Полногеномное секвенирование и биоинформационный анализ полученных последовательностей ДНК 87
5.2 Сравнительный биоинформационный анализ генов наиболее значимых факторов патогенности/персистенции и их продуктов 89
5.2.1 Структура и изменчивость MARTX и RtxC 89
5.2.2 Структура и изменчивость генов и белков cholix-токсина 95
5.2.3 Структура и изменчивость протеаз НАГ-вибрионов 100
5.2.4 Структура и изменчивость Сef (CHO cell elongating factor) 101
5.2.5 Структура и изменчивость гемолизина HlyA 104
5.2.6 Структура и изменчивость нейраминидазы (NanH) 105
5.2.7 Структура и изменчивость белков наружной мембраны 107
5.2.8 Структура и изменчивость субъединиц пилей MSHA 109
5.2.9 Структура и изменчивость регуляторных белков ToxR и HapR 114
5.2.10 Контакт-зависимые системы секреции третьего и шестого типов (T3SS и T6SS) 115
5.2.11 Штамм, содержащий профаг preCTX и остров VPI 122
5.3 Мозаичная структура и пластичность генома НАГ-вибрионов 124
Заключение 127
Выводы 135
Список использованной литературы 132
