Введение
Обзор литературы - 12
1. Однонитевые разрывы днк - 12
2. Повреждения днк в хроматине - 18
3. Репарация однонитевых разрывов днк - 20
4. Транскрипция хроматина рнкп ii - 21
5. Эффект однонитевых разрывов днк на транскрипцию рнкп ii - 28 материалы и методы - 33
Реактивы - 33
1. Ферменты и белковые комплексы - 33
2. Культуры клеток - 33 3.
4. Буферные растворы и многокомпонентные реактивы - 34
5. Коммерческие ферменты - 34
6. Готовые наборы реактивов - 34
7. Синтетические олигонуклеотиды - 35
8. Оборудование - 36
9. Методы - 36
9.1. Общая схема эксперимента - 36
9.2. Экспериментальная система - 37
9.3. Электрофоретические методы - 38
9.4. Амплификация фрагментов днк методом полимеразной цепной реакции (пцр) -39
9.5. Очистка нуклеиновых кислот фенолом - 40
9.6. Ход эксперимента - 40
9.6.1. Получение днк-матриц с заданной нуклеотидной последовательностью на основе существующей днк-матрицы - 40
9.6.2. Получение фрагментов днк с интересующей последовательностью нуклеотидов для транскрипционных опытов - 44
9.6.3. Внесение позиционированных однонитевых разрывов во фрагменты днк для транскрипционных опытов - 44
9.6.4. Сборка нуклеосом - 45
9.6.5. Транскрипция нуклеосом рнк-полимеразой e. Coli in vitro - 45
9.6.6. Получение рнк-маркера для анализа длин продуктов транскрипции - 47
9.6.7. Получение днк-маркера для анализа длин продуктов транскрипции - 47
9.6.8. Анализ распределения транскриптов по длинам методом электрофоретического разделения в пааг в денатурирующих условиях
2 9.7. Построение примерной молекулярной структуры комплекса эк+24 с разрывом
Нематричной цепи в положении +12 нпп - 48
Результаты и обсуждение - 49
1. Введение - 49
2. Экспериментальная система - 49
3. Позиционированный однонитевой разрыв нематричной цепи днк может вызывать дискретную нуклеосом-специфичную остановку рнк-полимеразы - 56
4. Особенности остановок рнк-полимеразы на разрывах нематричной цепи нуклеосомной днк - 65
5. Предполагаемый механизм нуклеосом-специфичной остановки рнк-полимеразы на разрыве нематричной цепи днк - 71
6. Обсуждение предполагаемых функций внутринуклеосомных петель днк - 74
7. Обнаружение разрывов нематричной цепи с помощью внутринуклеосомных петель днк - 78
Заключение - 81
Выводы - 82
Список использованной литературы - 83
Приложения - 95
Благодарности - 99
