Введение
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ... ...9
Барназа 9
Начальные сведения 9
Ферментативная активность барназы 11
Структурные исследования барназы 13
Внутримолекулярная подвижность в бариазе. 17
Применение остаточных дипольных констант для анализа структуры и динамики белков 19
Остаточные диполь-диполъные взаимодействия 19
Матрща порядка Саупе 21
Механизмы ориентирования белка. 23
Применение остаточных дипольных констант для уточнения пространственной структуры 27
Распознавание структур и вписывание гомологичных моделей 3)
Определение взаимной ориентации доменов белка при помощи дипольных констант 36
Заключение ., 40
ГЛАВА II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ... 41
Приготовление образцов и измерение дипольных взаимодействий 4Ї
Структура барназы дикого типа , 49
Программа REDCAP 5J
Расчёт параметров тензора ориентации молекулы и оценка достоверности используемых моделей (7). 53
Алгоритм проведения кластеризации 56
ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ ...60
Исследование изменений в структуре барназы вызванных введением мутации Е73А 61
Исследование динамических особенностей барназы при помощи остаточных КДДВ 71
Сравнение динамических доменов, полученных при помощи ЯМР и МД. 76
Анализ соответствия КДДВ DNH барназы дикого типа известным кристаллографическим структурам барназы . 78
Доменные движения как возможный источник ферментативной активности барназы. 80
Заключение 83
ВЫВОДЫ 84
ПРИЛОЖЕНИЯ... 86
Импульсные последовательности, используемые для измерения КДДВ 86
Измерение КДДВ DNH (jm-HSQC) [79] 86
Модификация jm-HSQC для измерения КДДВ DNC [80] 87
Эксперимент для одновременного измерения. КДДВ !Dm, DNC- и 2D!INC- ((5,J)-ECOSY-HSQC) [81] 88
Измерение КДДВ DHOCJ^-I^-HSQC) [83] 89
Значения КДДВ, измеренные для мутанта барназы Е73А 9(1
Значения КДДВ, измеренные для белка барназы дикого типа 91
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ... ,.93
БЛАГОДАРНОСТИ 94
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 95
