Введение
ГЛАВА 1. Метод молекулярной динамики 11
1.1. Начало метода молекулярной динамики 11
1.2. Моделирование воды 16
1.3. Моделирование молекулярных систем
1.3.1. Первые работы по моделированию молекул 19
1.3.2. Термостат, баростат, расчёт электростатики
1.4. Пакеты программ молекулярной динамики 23
1.5. Исследование плавления и кристаллизации леннард-джонсовской жидкости
1.5.1. Плавление кристалла 25
1.5.2. Кристаллизация жидкости 27
1.6. Моделирование жидких С6-алканов 30
1.6.1. Получение моделей 32
1.6.2. Анализ функций радиального распределения 32
1.6.3. Анализ симплексов Делоне 34
ГЛАВА 2. Термодинамические расчёты в методе молекулярной динамики 37
2.1. Появление методов расчёта свободной энергии 37
2.2. Термодинамическое возмущение 39
2.3. Метод bar 40
2.4. Алхимические превращения 41
2.5. Метод mbar 42
2.6. Тонкости расчётов 44
2.7. Метод видома 47
ГЛАВА 3. Метод компьютерной волюмометрии 49
3.1. Парциальный мольный объём и его составляющие з
3.2. Расчёт кажущегося объёма на молекулярно-динамических моделях растворов 52
3.2.1. Прямой метод 52
3.2.2. Локальные методы 53
3.3. Расчёт составляющих кажущегося объёма растворённой молекулы 60
3.3.1. Декомпозиция раствора с помощью метода Вороного-Делоне 60
3.3.3. Расчёт вклада растворителя V 62
ГЛАВА 4. Исследование гидрофобного взаимодействия в водных растворах С8Е6 67
4.1. Получение моделей 68
4.2. Расчёт гидрофобного взаимодействия для молекулы с8е6 в водном растворе методом видома 69
4.3. Расчёт свободной энергии гидрофобного взаимодействия молекул с8е6 методом MBAR
4.3.1. Расчёт свободной энергии растворения молекулы CвЕв 71
4.3.2. Использование термодинамического цикла 73
4.4. Волюмометрические расчёты для молекулы саеб в водном растворе 76
4.4.1. Вклад воды в кажущийся объём V 76
4.4.2. Вклады в V от гидрофильной и гидрофобной частей молекулы С8Ее 78
4.4.3. Количество водородных связей 79
4.4.4. Сравнение термодинамических и волюмометрических результатов 82
ГЛАВА 5. Исследование растворов молекул класса смем 85
5.1. Получение моделей 86
5.2. Волюмометрический анализ растворов С„Ем 86
5.2.1. Температурные зависимости 86
5.2.2. Представление AV в координатах (n, m) 88
5.2.3. Составляющие АУ от гидрофобной и гидрофильной частей молекулы CпЕт 91
5.3. Корреляции с температурой помутнения растворов 92
5.3.1. Сравнение Tо и TС 92
5.3.2. Коррекция То 95
Заключение 101
Список литературы
