Введение
Глава I. Обзор литературы 9
1. Аминокислоты. Пептиды. Белки 9
2. Типы вторичных структур белков 13
3. Сворачивание белков и пептидов 20
Глава II. Методы 36
Общая характеристика методов компьютерной химии 36
Методы, основанные на представлениях молекулярных орбиталей 38
а) Полуэмпирические методы расчетов 42
б) Неэмпирические {ah initio) методы 46
Методы эмпирического силового поля (ММ и МД) 49
Поверхность потенциальной энергии 51
Детали расчетов. Повышение точности и калибровка 56
Глава III. Пространственная организация и свойства аминокислот 60
1. Общие свойства молекул 20 a-L-аминокислот в газовой фазе 60
2. Основные конформеры молекул аминокислот 69
Глава IV. Особенности электронного строения монопептидов 80
Глава V. Дипептиды, трипептиды и более длинные после довательности 86
Глава VI. «Прямая» спирализация: многостадийность процесса 92
Глава VII. Терминирование «прямой» спирализации и «обратная» спирализация 100
Глава VIII. Оценка влияния воды на процесс спирализации олигопептида 107
1. Влияние молекул связанной воды на структуру цвиттер-иона 108
2. Влияние воды на процесс спирализации олигопептидов 109
Заключение 112
Выводы 113
Список литературы 114
