Введение
Глава 1 - Анализ загрязнений транскрипционных данных человека 31
1.1 Введение 31
1.2 Методы
1.2.1 Создание коллекции «мусорных » EST 34
1.2.2 Полимеразная цепная реакция (ПЦР) 35
1.3 Результаты и обсуждение 37
1.3.1 Человеческие EST, не имеющие сходства с последовательностями из генома человека 37
1.3.2 Загрязнения в базе данных EST человека 40
1.3.3 Растительные EST в базе данных EST человека 42
1.3.4 Анализ загрязнений рибосомальными мРНК в базе данных EST человека 44
1.3.5 Экспериментальный поиск «пропущенных» генов человека 45
1.4 Выводы 46
Глава 2 - Сравнительных анализ частот нуклеотидных слов в геноме человека, а также в геномах других эукариот 48
2.1 Введение 48
2.2 Методы 49
2.2.1 Выборка анализируемых геномов 49
2.2.2 Разорванные слова 52
2.2.3 Частотность 52
2.2.4 Статистические методы для подсчета ожидаемых частот слов .53
2.2.5 Минимальная частотность 55
2.3 Результаты и обсуждение 55
2.3.1 Сравнение методов для подсчета ожидаемых частот слов 55
2.3.2 Однобуквенные слова 56
2.3.3 Недопредставленные двухбуквенные слова 57
2.3.4 Перепредставленные двухбуквенные слова 60
2.3.5 Недопредставленные трехбуквенные и четырехбуквенные словабО
2.3.6 Перепредставленные трехбуквенные и четырехбуквенные слова 61
2.3.7 Пятибуквенные, шестибуквенные и семибуквенные слова 62
2.3.8 Сравнение с маскированными геномами 63
2.3.9 Сравнение с кодирующими последовательностями 63
2.4 Выводы 64
Глава 3 - Исследование мутационных контекстов в геноме человека „.66
3.1 Введение 66
3.2 Методы
3.2.1 Критерии включения полиморфизмов 68
3.2.2 Мутационный контекст и подконтекст 69
3.2.3 Контраст 69
3.2.4 Минимальный контраст 70
3.2.5 Мутационное смещение 70
3.2.6 Статистическая значимость 71
3.3 Результаты 71
3.4 Обсуждение 78
3.5 Выводы 83
Глава 4 - Исследование эволюции недавно дуплицированных генов человека 84
4.1 Введение 84
4.2 Методы
4.2.1 Составление выборки семейств паралогичных генов человека... 87
4.2.2 Подсчет dN и dS 88
4.2.3 Исследование асимметрии эволюции паралогов 88
4.2.4 Сравнение с ортологами 89
4.2.5 Анализ GOstat !90
4.2.6 Транскрипционные данные 90
4.2.7 Анализ PolyPhen 90
4.3 Результаты 90
4.3.1 Оценка индивидуальных значений dNn dS 90
4.3.2 Индивидуальные значения dN и dS паралогичных генов 93
4.3.3 Асимметрия в несинонимичных сайтах 95
4.3.4 Асимметрия в синонимичных сайтах -. 100
4.3.5 Анализ программой PolyPhen 100
4.3.6 Анализ с помощью базы данных Pride 1 4.4 Обсуждение 103
4.5 Выводы 106
Глава 5 - Исследование эволюции сайтов сплайсинга в семействах
паралогичных генов человека 107
5.1 Введение 107
5.2 Методы 108
5.2.1 Составление выборки семейств паралогичных генов 108
5.2.2 Определение сайтов сплайсинга 109
5.2.3 Составление выравниваний окрестностей сайтов сплайсинга... 109
5.2.4 Построение деревьев 110
5.2.5 Реконструкция предковых состояний 110
5.2.6 Вычисление веса сайта 1 5.3 Результаты и обсуждение 110
5.4 Выводы 137
Глава 6 - Метилированные цитозины реже мутируют в CpG островах 138
6.1 Введение 138
6.2 Методы 1 6.2.1 Метилированные цитозины 142
6.2.2 Полиморфизмы 142
6.2.3 Направленные замены 142
6.2.4 CpG острова 142
6.2.5 Составление контрольных выборок CpG динуклеотидов 142
6.2.6 Оценка частоты мутаций 5mCpG TpG 144
6.2.7 Частоты аллелей 144
6.2.8 Частота рекомбинаций 145
6.2.9 Отрицательный отбор в генах 145
6.3 Результаты 146
6.3.1 Частота направленных мутаций 5mCpG TpG понижена в CpG островах 146
6.3.2 Распределение частот аллелей в CpG островах смещено в сторону редких аллелей 147
6.3.3 Смещенная генная конверсия не объясняет снижение частоты
мутаций 5mCpG TpG в CpG островах 148
6.3.4 Отрицательный отбор не может объяснить снижение частоты мутаций 5mCpG TpGB CpG островах 151
6.3.5 Данные по полиморфизмам подтверждают сниженную частоту 5mCpG TpG мутаций в CpG островах 1 6.4 Обсуждение 156
6.5 Выводы 159
Выводы 161
Благодарности 163
Список публикаций по теме диссертации 164
Список литературы
