Введение
1. Краткие сведения о ДНК зависимой РНК полимеразе бактериофага Т7 Escherichia coli. 9
2. Этапы транскрипционного цикла 10
2.1 Инициация 10
2.2 Элонгация 13
2.3 Терминация 14
3. Терминационные последовательности РНК полимеразы бактериофага Т7 15
3.1 Терминационные последовательности первого класса (образующие стабильные шпилькообразные структуры) 15
3.1.1 Влияние контекста последовательности матрицы перед терминаторами первого класса 17
3.1.2 Влияние стабильности шпильки 17
3.1.3 Влияние А:Т богатого участка, расположенного после шпильки 18
3.2 Терминационные последовательности второго класса 18
3.2.1 Роль нематричной цепи в процессе терминации 19
3.2.2 Роль последовательности ДНК в терминации на сигналах второго класса 19
3.2.3 Влияние контекста последовательности матрицы на терминацию второго класса 21
3.2.4 Последовательность консенсуса является сайтом паузы Т7 РНК полимеразы 21
3.2.5 Роль А:Т богатой последовательности, расположенной после консенсуса, в терминации 22
4. Мутантные ферменты со сниженной эффективностью терминации на ГПТ 22
5. РНК полимеразы родственных бактериофагов узнают терминационные последовательности второго класса 23
6. Модель терминации на шпилькообразующем терминаторе 23
7. Кинетическая модель терминации 24
8 Результаты и обсуждение 28
8.1. Разделение связывающей и инициаторной функций промотора РНК-полимеразы бактериофага Т7 28
8.1.1 Приближения РНК-полимеразы к однонитевому промотору при помощи ДНК связывающего домена белка Gal4 не достаточно для инициации транскрипции 29
8.1.2 Двуцепочечныи олигонуклеотид, имеющий последовательность участка связывания промотора, активирует транскрипцию на однонитевой матрице 32
8.1.3 Одноцепочечная ДНК должна содержать полную последовательность промотора для проявления эффекта активации 37
8.1.4 Модель активации транскрипции участком связывания промотора in trans 44
8.1.5 Удаление интеркалирующей петли не приводит к транскрипции на однонитевой матрице 47
8.2. Характеризация терминационного сигнала из гена предшественника прогормона паращитовидной железы человека 49
8.2.1 Влияние точечных мутаций на эффективность терминации на ПТГ терминаторе 51
8.2.2 Обе цепи двойной спирали ДНК необходимы для функционирования ПТГ терминатора 52
8.2.3 Нарушения двуспиральности ДНК перед ПТГ терминатором негативно отражаются на его функциональности 55
Выводы 58
Материалы и методы 59
