Введение
Глава 1. Аналитический обзор существующих моделей взаимодействия белков 15
1.1 Математические кинетические модели образования белок-белковых комплексов 19
1.2 Метод броуновской динамики. 22
1.3 Белки электрон-транспортной цепи фотосинтеза 32
1.4 Применение метода броуновской динамики к моделированию взаимодействия электронно-транспортных белков 53
Глава 2. Метод прямого компьютерного моделирования взаимодействия белков 67
2.1 Физическая модель образования комплекса белков 67
2.2 Особенности моделирования диффузии белков 71
2.3 Электростатическое взаимодействие белков 74
2.4 Анализ траекторий броуновской динамики 78
Глава 3. Компьютерное моделирование взаимодействия пар фотосинтетических электрон-транспортных белков в растворе 86
3.1 Модель взаимодействия пластоцианина и цитохрома f 88
3.2 Модель взаимодействия ферредоксина и ФНР 103
3.3 Модель взаимодействия фотосистемы 1 с флаводоксином 108
3.4 Модель взаимодействия фотосистемы 1 с ферредоксином 113
3.5 Модель взаимодействия фотосистемы 1 с пластоцианином 116
3.6 Модели взаимодействия белков из цианобактерий 119
Глава 4. Изучение влияния клеточного окружения на скорость образования комплексов белков 132
4.1 Моделирование влияния ширины люминального пространства на скорость связывания белков пластоцианина и цитохрома f 132
4.2 Эффект электрического поля мембраны при взаимодействии пластоцианина и цитохрома f 138
4.3 Влияние размеров и формы реакционного объема на формирование кинетики редокс-превращений цитохрома f и P700 146
Глава 5. Идентификация пPомежуточныX CоCтояний в пPоцеCCе диффузионного Cближения электPон-тPанCпоPтныX белков 161
5.1 Определение областей связывания белковых молекул 161
5.2 Анализ энеpгетичеcки выгодныx столкновительных комплексов плаcтоцианина и цитоxpома f 163
5.3 Исследование эволюции метастабильных состояний при образовании комплекса электрон-транспортных белков пластоцианина и цитохрома f 169
Обсуждение результатов 174
Заключение 178
Выводы 180
Список литературы
