Введение
Глава 1. Элементы вторичной структуры белковых молекул 7
1.1. р-структуры — типичный мотив укладки белков паутинного волокна 7
1.1.1.Химия, структура и функция 7
1.1.2. Источники и клонирование белков паутинного волокна 9
1.2.Сигнальные пептиды — участки белка с конформацией а-спирали. 11
1.2.1.Классы N-концевых сигнальных пептидов 12
1.2.2.Внутренние сигнальные последовательности 14
1.2.3.Сигнальные пептиды и функционирование белков вируса гепатита С 17
1.3. Постановка задачи исследования 26
Глава 2. Метод молекулярной динамики 27
2.1.Физические основы метода МД 28
2.2 Валентные взаимодействия 29
2.3. Невалентные взаимодействия 32
2.4 Численное интегрирование 35
2.5 Поддержание постоянной температуры 36
2.5.1 Термостат Берендсена 37
2.5.2 Столкновительный термостат 38
2.5.3 Стохастическая динамика 39
2.6. Поддержание постоянного давления 40
2.7. Неравновесная молекулярная динамика 40
Глава 3. Динамика пептидных молекул в конформации а-спирали 42
3.1.2. Молекулярная динамика а-спиралей при температуре 300 К 45
3.2. Оценка стабильности вторичной структуры пептидов 46
3.2.1. Молекулярная динамика а-спирали полиаланина 46
3.2.2. Молекулярная динамика а-спирали сигнального пептида 1 47
3.2.3. Молекулярная динамика а-спирали сигнального пептида II 53
Глава 4. Динамика элементов паутинного волокна 62
4.1. Молекулярная динамика отдельных полиаланиновых пептидов в столкновительной среде 63
4.1.1 .Протокол молекулярной динамики 63
4.1.2 Конформационное поведение отдельных полиаланиновых пептидов в столкновительной среде 64
4.1.3. Молекулярная динамика надмолекулярных комплексов из пяти пептидов поли-А 67
4.2. Управляемая молекулярная динамика надмолекулярных комплексов из пяти полиаланиновых пептидов 70
4.2.1 Исследуемая система и протокол моделирования 70
4.2.2. Управляемая молекулярная динамика комплексов полиаланиновых пептидов 71
4.4. Молекулярная динамика внутреннего пептида 80
4.4.2 Молекулярнаядинамика отдельных внутренних пептидов 81
4.4.3. Молекулярная динамика комплекса из пяти внутренних пептидов 82
4.5. Управляемая молекулярная динамика комплекса из пяти внутренних пептидов 83
4.5.1. Исследуемая система и протокол моделирования 83
4.5.2 Управляемая молекулярная динамика надомолекулярного комплекса межаланиновых пептидов паутинного волокна 84
Заключение 86
Выводы 88
Благодарности 90
Литература 91
