Введение
Обзор литературы 7
Новые подходы в изучении механизмов узнавания промоторной ДНК РНК-полимеразой
Е.со1іГЕст7(П 7
функциональная значимость тгуклеотидной последовательноспт промоторной ДНК 8
Канонические гексануклеотиды в-10 и -35 областях промоторной ДНК 8
Спейсерный участок промоторной ДНК 10
Динуклеотид TG — характеристический сигнальный элемент промоторов «extended—
10» 12
UP-элемент промоторной ДИК 13
Роль физико-химических свойств промоторной ДНК в функциональной активности промоторов 18
Легкоплавкие участки в промоторной ДНК 19
Формирование устойчивого изгиба в промоторной ДНК 22
Электростатические свойства промоторной ДНК 24
Материалы и методы 29
Нуклеотидные последовательности и элементы геномов PI ИХ аннотации 29
Таксономический раздел 29
Генерация случайных и регулярных последовательностей ДНК 29
Расчет электростатических свойств ДНК 30
Программное обеспечение СУБД, публикации данных и инструментов обработки и
анализа 31
Хранение данных 31
Доступ к данным и инструменты анализа: веб-публикация 31
Представление данных в работе 32
Результаты и обсуждение 33
Глава 1. База данных свойств электростатического потенциала геномной ДНК DEPPDB
33
Общее описание данных 33
Общая характеристика генома 33
Элементы генома 34
Таксономия 35
Пользовательский интерфейс 35
Стандартные элементы интерфейса 36
Главная страница 37
Таксономический раздел 37
Раздел описания геномов 37
Инструменты анализа данных 37
Инструмент визуализации и анализа множественных электростатических профилей 37
Инструмент визуализации электростатических профилей (Упрошенный вариант). 38
Инструмент визуализации и анализа отношений среднего потенциала генома к со
держанию GC пар для множественных геномов 38
Основная статистика 38
Глава 2. Зависимость электростатических свойств последовательности ДНК от ее состава 40
Случайные последовательности ДНК 40
Регулярные последовательности ДНК 41
ДНК природных геномов 42
Электростатический потенциал пар А. Т. G и С 43
Зависимость от контекста в природных геномах и случайных последовательностях. 46
Глава 3. Особенности электростатических свойств промоторов ряда Т7-подобных фагов и рибосомальных промоторов E.coli 48
Ранние промоторы Т7-подобных фагов и рибосомальиые промоторы E.coli 48
Промоторы Т7-подобных фагов, взаимодействующие с фаговой РНК-полимеразой..52
Общая характеристика ЭП промоторов фагов Т7. ТЗ. phiYe03-12 и VP4 52
Промоторы мутантного штамма бактериофага Т7. приспособленного к РНК-поли-
меразе бактериофага ТЗ 54
Заключение. Примеры использования базы DEPPDB 61
Выводы 65
Список литературы
