Введение
1. Обзор литературы 10
1.1 Мотивы в структуре белка 10
1.1.1 Виды мотивов 12
1.1.2 Применение мотивов 17
1.1.3 Методы выявления мотивов 19
1.1.4 Базы данных мотивов 23
1.1.5 Информационное содержание последовательностей 26
1.1.6 Статистика сравнения последовательностей 31
1.2 Надсемейство цитохромов Р450 как объект исследования 38
1.2.1 Описание структуры цитохромов Р450 41
1.2.2 Подходы к классификации надсемейства цитохромов Р450 46
2. Материалы и методы 48
2.1 Выборка 48
2.2 Локальное выравнивание 49
2.3 Кластерный анализ 49
2.4 Иерархическое выравнивание 50
2.5 Выявление мотивов в консенсусной последовательности 52
2.6 Работа с базой знаний по цитохромам Р450 53
2.7 Общая методология исследования критериев, основанных на анализе консенсусной последовательности 59
2.8 Использование программы BLAST для оценки состава консенсусной последовательности 61
3. Результаты и обсуждение 63
3.1. Предпосылки наличия мотивов в семействах и подсемействах цитохромов Р450 63
3.2 Алгоритм выявления структурно-функциональных мотивов 66
3.3. Исследование свойств статистических критериев наличия мотивов в консенсусных последовательностях 71
3.4 Мотивы общности 90
3.5. Мотивы частного в семействе стероловых деметилаз 93
3.6. Использование критерия оценки мотивов для корректировки границ кластеров 103
4. Выводы 117
5. Список литературы 118
