Введение
Глава 1. Общие сведения об а -химотрипсине (литературный обзор)... 15.
1.1. Сериновые амид гидролазы. Протеолитические ферменты пищеварительного траста 15
1.2. Субстраты 16
1.3. Строение сериновых протеаз 17
1.4 Особенности пространственной структуры а -химотринснна. Блочная модель. Кластерная динамика а -химотрипсина 18
1.5 Активный центр а -химотрипсина 21
1.6. Последовательность химических и конформационных превращений каталитического акта а -химотрипсина 25
1.7. Ферментативный гидролиз а -химотрипсина. Феноменология... ЗI
1.8 Выводы 35
1.9 Предпосылки к построению модели 36
Глава 2. Модель фермент-субстратного комплекса а химотрипсина 38
2.1. Модель: а - химотрипсин- «молекулярные ножницы» 38
2.2 Профили поверхности потенциальной энергии водородной связи Serl95-His57 фермент-субстратного комплекса а-химотрипсина .. 40
2.3 Модель стохастического потенциала каталитического центра 44
2.4 Резюме
2.5 Постановка модельной задачи. Водородная связь (Ser^SJO* -Н NE2(His57) как квантовая открытая для взаимодействия с окружением система 54
Глава 3. Свойства и математические методы описания управляемой бистабильной системы. 55
3.1 Классическая диффузионная модель Крамерса 55
3.2 Обобщение модели Крамерса 57
3.3 Квазиклассические методы расчета скорости перехода через потенциальный барьер . 64
3.4 Двухуровневое приближение 61
3.5 Квазиэнергия и квазиэнергетические состояния Флоке в периодическом поле 68
3.6. Метод расщепления оператора эволюции 71
3.7 Выводы 79
3.8 Задачи численного моделирования 81
Глава 4. Численное моделирование эволюции управляемой бистабильной квантовой системы каталитического центра а-химотрипсина 83
4.1 Одномерная стационарная задача. Амплитудно-частотная характеристика 83
4.2 Гармоническое управляющее воздействие 87
4.3 Гармоническое воздействие в численном эксперименте 99
4.4 Воздействие со спектральной линией конечной ширины 102
4.5 Моделирование кластерных колебании. Шум 107
4.6 Асимметричный потенциал 113
4.7 Аддитивное внешнее поле, изменяющее разность глубин ям 115
4.8 Импульсное воздействие (Pulsc-shapcd controlled tunneling) 117
4.9 Редуцированная 3-ёхуровневая квантовая модель релаксации... 120
4.10 Двумерная задача 123
4.11 Выводы 125
4.12 Задачи будущего моделирования 127
Таблица 41.
Заключение 130
Литература
