Введение
Обзор литературы 7
Краткая характеристика цитохромов Р45 0 7
Суперсемейство цитохромов Р45 0 7
Подсемейство цитохромов Р450 2В 9
Анализ кристаллической структуры CYP2B4 10
«Открытая» конформация CYP2B4 10
«Закрытая» конформация CYP2B4 14
Предпосылки к моделированию пространственной структуры Р450 17
Методы моделирования цитохромов Р450 20
Цели и задачи молекулярного моделирования Р450 20
Основные этапы моделирования пространственной структуры белка погомологии 21
Проблемы моделирования Р45 0 по гомологии 24
Критерии оценки успешного моделирования Р450 по гомологии 28
Методы проверки правильности моделей Р450 30
Объекты и методы 34
Аппаратное обеспечение...ГГ. 34
Программное обеспечение 34
Информационные ресурсы 34
Сравнение кристаллических структур CYP2B4 из PDB 36
Моделирование пространственной структуры цитохрома CYP2B4 37
Уточнение модели CYP2B4 38
Верификация модели CYP2B4 40
Моделирование известных мутантов CYP2B4 41
Моделирование новых мутаций CYP2B4 43
Результаты и обсуждение 45
Анализ существующих кристаллических структур CYP2B4 45
Компьютерное моделирование трехмерной структуры CYP2B4 по гомологии 50
Моделирование трехмерной структуры CYP2B4 по гомологии 50
Верификация модели трехмерной структуры CYP2B4 53
Сравнение модели с «закрытой» конформацией CYP2B4 57
Сравнительное моделирование пространственных структур микросомальных
цитохромов Р450 62
Модели трехмерной структуры CYP2B4 62
Модели трехмерной структуры представителей CYP2C 64
Модели трехмерной структуры CYP3A4 67
Выявление общих закономерностей среди моделей 69
Оценка возможных перспектив по моделированию цитохромов Р450 по
существующим прототипам 74
Прогнозирование изменения сродства CYP2B4 к цитохром Р450 редуктазе при точеном мутагенезе , 77
Заключение 81
Выводы 83
Список литературы 84
