Введение
2. Обзор литературы 8
2.1. Моделирование липидных бислоев 8
2.1.1. Необходимость моделирования бислоев 8
2.1.2. Типы моделей мембран 9
2.1.3. Методы моделирования 12
2.1.4. Моделирование молекулярной динамики бислоя 13
2.1.5. Верификация моделей мембран 18
2.2. Моделирование мембранных белков и пептидов 21
2.2.1. Моделирование мембранных пептидов 21
2.2.2. Моделирование белков в липидном бислое 28
2.2.3. МЛО А 30
2.3. Функции и свойства цитохрома Ъ5 32
2.3.1. Функции, структура и свойства цитохрома Ъ5 32
2.3.2. Моделирование мембраносвязанного домена цитохрома Ъ5 38
3. Объекты и методы 40
3.1. Аппаратная и программная база работы 40
3.2. Объекты 40
3.3. Конструирование молекулы ДПФХ 40
3.4. Конструирование липидного бислоя из ДПФХ 40
3.5. Оптимизация бислоя из ДПФХ 41
3.6. Верификация модели мембраны 43
3.7. Подтверждение пригодности модели бислоя из ДПФХ для моделирования
мембранных белков 44
3.8. Конструирование цитохрома Ь5 в петлевой и трансмембранной топологии 44
3.9. Оптимизация модели бислоя для моделирования цитохрома Ь5 в
трансмембранной и петлевой топологиях 44
3.10. Оптимизация цитохрома Ь5 45
4. Результаты 46
4.1. Построение и оптимизация модели липидного бислоя из ДПФХ 46
4.1.1. Моделирование МД бислоя из ДПФХ 51
4.1.2. Анализ результатов моделирования МД бислоя из ДПФХ 51 4.2 Моделирование цитохрома Ь5 в мембранном окружении 66
4.2.1. Моделирование МД цитохрома Ь5 в трансмембранной топологии 70
5. Обсуждение 94
6. Выводы 102
7. Список литературы 103
