Введение
1. CLASS Введени CLASS е 5
2 Обзор литературы 10
2.1. Структура вируса иммунодефицита человека 10
2.1.1. Морфология 10
2.1.2. Репликационный цикл 11
2.2. Интеграза ВИЧ-1 15
2.3. Ингибиторы интегразы ВИЧ-1 18
2.3.1. Низкомолекулярные ингибиторы из природных источников 18
2.3.2. Синтетические гидроксилированные ароматические соединения 22
2.3.3. Природные пептиды 24
2.3.4. Сульфаты, сульфонаты и нуклеотиды -ингибиторы интегразы ВИЧ-1 26
2.3.5. Конкурентные необратимые ингибиторы интегразы 28
2.3.6. Дикетокарбоновые кислоты и их производные ..31
2.3.7. Компьютерное конструирование ингибиторов интегразы 34
3. Объекты и методы 39
3.1. Объекты 39
3.2. Методы 4 0
3.2.1. Валидация точности прогноза 42
3.2.2. Тестирование PASS на гетерогенной выборке химических соединений 4 5
3.2.3. Применение PASS для поиска новых биологически активных соединений 4 8
3.2.4. Методы экспериментального тестирования ингибиторов интегразы ВИЧ-1 in vitro 4 9
4 Результаты и обсуждение 51
4.1. Создание обучающей выборки 51
4.2. Обучение и валидация программы 64
4.3. Компьютерный поиск потенциальных ингибиторов 64
4.4. Тестирование отобранных веществ на антиинтегразную активность 66
4.5. Определение роли отдельных структурых участков в проявлении ингибиторной активности 71
5 Заключение 7 6
б. Выводы 77
7 Публикации по теме диссертации 7 8
8 Список литературы 81
